1.质控和LD过滤 1.1 质控:删除信息缺失严重的个体和位点 plink2 --vcf zy_bsz-bi.vcf --mind 0.10 -...
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snp数据PCA分析 -
WGS分析笔记（4）—— Call SNVs/indels最近一直忙期末汇报和脚本编写，没来的及接着往下写文章，年前把这一块写了，然后再往下的分析流程就比较特异性了，做一步写一步那种，相对于这种已经...
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IQ-TREE的使用 - 超快速用极大似然法构建进化树
写在前面 我知道IQ-tree已经有很长一段时间了。不过我一直并没有使用它。主要原因是，常用的快速构建ML树的软件是FastTree，如果要求准...
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讨厌又迷人的reads去重复在NGS分析入门阶段，我们不需要考虑太多的细节，只用知道一个分析的大致流程并完整跑下来即可。太多的细节，只会让我们对于分析产生莫须有的恐惧，因此...
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比较基因组学（微）的一些文章和流程1：2019:Whole Genome Sequencing and Comparative Genomics Analyses of Pand...
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「三代组装」使用Pilon对基因组进行polish
软件安装 官方提供了编译好的jar包，方便使用 如果要顺利运行程序，要求JAVA > 1.7, 以及根据基因组大小而定的内存，一般而言是1M大小...
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在超算上用sentieon快速完成NGS的变异检测很久之前就听说sentieon在跑calling variants的速度非常快，能甩GATK 不知道多少条街，但是一直缺少一次机会去进行测试。这...
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SAMtools: SAM格式的处理利器SAM及其相关工具 SAM格式介绍 SAM全称是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比对或联配数据的格式。无论是重...
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SNP功能注释网站合集这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖。 软件排名不分先后，优先顺序可以看推荐指数。 彩蛋在最后，请坚持看完 1、GWAS4D, 推...
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SnpEff 配置基因组注释文件
SnpEff 软件提供了绝大多数物种的基因组注释信息，但随着基因组版本的不断更新和新的更好的基因组的出现，我们有时需要将新的参考基因组注释信息添...
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