前言 首先，vst也是基于负二项分布的一种标准化方法我们为什么在大样本数据中需要采用vst的标准化方法呢？这是因为： 1.It is a one...
投稿
收录了56篇文章 · 28人关注
-
DESeq2中vst标准化那些事
-
RNA-seq数据计数矩阵标准化
7种常见的标准化方法，它们分别是： 所有这些方法又可根据其原理而分为两类，第一类基于库的大小(TMM，DESeq)，第二类基于read数目的分布...
-
宝藏R包：TCGA的转录组数据挖掘一站搞定
最近在看ceRNA的时候看到了一个宝藏R包，写包简化了芯片数据下游分析之后，我正想着写转录组下游分析的简化版，就看到了它。用起来~ 0.R包和数...
-
FPKM数据该怎么分析？
前天同事帮领导写基金，看文献找思路，突然问我能不能帮她分析一下数据，我看了一下数据是FPKM的文件。第一反应是可以。我就试试了一下。 1.数据下...
-
TCGA-数据整理（counts =》表达矩阵）
0、R包安装 1、差异表达矩阵 2、基因差异分析(三选一就可以进行后续分析) 测序的数据，DESeq2 ，edgeR一般用的比较多，接受的是RN...
-
TCGA数据官网网页下载及gdc-client下载下载TCGA数据时，可以采用多种方式进行下载，有使用R 相关的packags进行下载，最新的数据最好是从TCGA官网进行下载。 1.使用官网网页...
-
整理从TCGA下载的数据
如果从TCGA官网网页下载数据，或者使用gdc-client工具下载的数据，都是以单个的文件夹形式存储，并且文件夹中的为压缩文件，所以，下载数据...
-
TCGA学习01：数据下载与整理TCGA学习01：数据下载与整理 - 简书 TCGA学习02：差异分析 - 简书 TCGA学习03：生存分析 - 简书 TCGA学习04：...
-
GEO数据挖掘-第四期-肝细胞癌（HCC）
文章来源：生信技能树原文：GEO数据挖掘-第四期-肝细胞癌（HCC） 疾病背景 肝细胞癌（HCC），起源于肝细胞，是全球第七大常见癌症。 每年全...
-
TCGA+biomarker——Cox回归森林图
森林图简介 森林图（forest plot），从定义上讲，它一般是在平面直角坐标系中，以一条垂直于X轴的无效线（通常坐标X=1或0）为中心，用若...
专题公告
TCGA相关知识
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1833784/crop1573367100157.jpg', '推荐专题《TCGA》（ 分享自 @简书 ）','https://jianshuapi.com/c/406943bff7b8?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','页面编码gb2312|utf-8默认gb2312'));){kind=link}