将基因组组装到染色体水平无非就是两种方式： 独立组装（de novo）； 基于参考基因组的组装（reference-guided），即基于近缘或...
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基于参考基因组的基因组组装和注释
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02-Hi-C辅助基因组安装基因组组装 基因组是怎么组装的，目前的方法有什么局限性？为什么要进行基因组组装？是因为目前的测序方法，无论是一代、二代、三代都是借助于全基因组鸟...
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NECAT: Nanopore数据的高效组装工具NECAT是肖传乐老师团队开发的一个针对Nanopore数据组装的软件，目前该工具尚未发表，除了https://github.com/xiaoc...
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使用NextDenovo组装Nanopore数据
NextDenovo是武汉未来组胡江博士团队开发的一个三代组装工具，能够用于PacBio和Nanopore数据的组装。但是从官方的介绍而言，此工...
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「三代组装」使用新版Falcon进行三代测序基因组组装这里的新版指的是PacBio公司在2018年9月发布pb-assembly, 而这篇文章是在2018年9月30日发的。 今年早些时候在参加三代培...
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「三代组装」使用Canu对三代测序进行基因组组装Canu简介 目前Canu已经更新到2.0版本，本文用的是Cau1.6版本，一些参数可能存在变动，请注意分辨。 Canu是Celera的继任者，...
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基因组组装结果中去除细胞器序列
如果没有该基因组细胞器序列，需要先组装细胞器序列，再比对去除 如果有了该基因组的细胞器基因组（如公开数据库可获取），通过比对去除 细胞器基因组组...
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生信小白学习系列：如何进行基因组组装？(1)
随着测序的发展，越来越多的生物体被进行基因组进行测序，这些测序的reads，再被用于组装或者其它相关的研究。基因组序列组装是一个研究的起点，如果...
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生信小白组装学习系列：初识Canu与其组装实战训练(3)
随着技术的进步，还有各种流程工具的推出，三代测序PacBio和Nanopore在测序，还有基因组研究中越来越扮演着角色。掌握一些三代技术组装的知...
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「三代组装」使用Falcon对三代测序进行基因组组装Falcon是PacBio公司开发的用于自家SMRT产出数据的基因组组装工具。Falcon分为三个部分： HGAP：PacBio最先开发的工具，...
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