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GWAS
收录了17篇文章 · 9人关注
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    用Beagle做基因型填充（Imputation）

    在学习基因型填充之前需要了解一下什么是Phasing（基因定相、单倍体分型），主要是参考公众号碱基矿工中的一篇文章：人类基因组的Phasing原...

    3.1 TOP生物信息 9 38
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    我的GWAS学习笔记

    上个月中旬，出于对GWAS的好奇，我参加了一个培训班，之后又花了一周的时间来整理听课笔记，感觉现在对GWAS已经有了一个比较全面的认识。 在ca...

    6.5 TOP生物信息 3 59
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    GWAS基本建模原理

    混合线性模型 我们说的混合线性模型主要是由固定效应和随机效应所构成的，固定效应是我们主要研究的影响因素，而随机效应是潜在的，影响固定效应的因素。...

    0.9 小潤澤 0 14
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    GWAS分析-说人话（3）网络数据下载后的处理

    前言 上天会告诉你那个文件才是需要用的吗？ 不会！ 但我会！（点个赞，大个赏呗～） 数据下载后，相信我，小白连看哪个数据都会不知道的！ 当然，数...

    1.2 医学小蛋散 3 22 1
  • GWAS分析-说人话（4）打开文件

    前言 这是写给小白的，大神请直接路过（点赞就好了～） 获得文件后怎样打开，偷窥一下内容？ 不！要！告！诉！我！双击！文件！！！！！！！ 我现在有...

    0.6 医学小蛋散 0 17
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    GWAS分析-说人话（9）初尝关联分析禁果

    前言 OK，这里只是初尝关联分析，有很多参数上的设置，及说明 请参考其他文章（有空会在最下面补上）。 书接上一回（GWAS分析-说人话（4）合并...

    1.2 医学小蛋散 2 8
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    群体遗传学亲缘关系分析

    亲缘关系分析实操 前期准备 给标记加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈现，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各个SNP位点的ID...

    4.2 EwanH 14 40
  • SNP x SNP 上位效应（epistasis）分析

    传统的全基因组关联分析（GWAS）计算的是单个SNP与表型的相关性，除此之外，我们还可以进行SNP之间的互作效应与表型的相关性分析。 本推文主要...

    0.9 橙子牛奶糖 2 11
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    连锁分析方法介绍

    一、 基础知识 1、 基因连锁： 基因连锁是指在有性生殖的减数分裂过程中，染色体上的DNA序列紧密结合在一起的倾向。 两个标记位点距离越近，在减...

    2.2 bioYIYI 1 13
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    LD衰减距离--haploview

    可以使用haploview进行计算LD衰减值和画单倍型块图块，这个软件可以输入多种不同的文件格式：Linkage Format、Phased H...

    1.0 灵动的小猪 3 20

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