这个步骤推荐在R里面做,载入表达矩阵,然后设置好分组信息,统一用DEseq2进行差异分析,当然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。...
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Swimming downstream: statistical analysis of differential transcript usa...
Trinity是Broad Institute和Hebrew University of Jerusalem开发的RNA-Seq数据 转录组组装...
转录组有参分析之STAR比对及可变剪切 STAR比对的特点: 速度快 准确度高 3'reads soft clip genomeLoad Loa...
RNA-seq流程-从SRR下载到得到表达矩阵 1.数据下载 在~/project/new/路径下,将SRR号重定向到一个id里 将SRA数据转...
STAR+RSEM+Deseq2视频课程链接已经公开, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?...
Y叔的RNA-seq workflow 强力推荐[https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow]...
欢迎批评指正 一、上游处理流程 上游处理步骤包括质量检测、质量控制、比对、定量[2],每一步处理数据的目的都是不同,也有相关的软件与之对应。通过...
今天想看一下自己的序列里面会不会有某细菌基因组存在,主要使用BWA和Samtools: bwa主要用于将低差异度的短序列与参考基因组进行比对。主...
用到的程序,samtools和bedtools,都用conda安装。 目标是将第一次比对的bam中unmapped reads提取出来,并转换成...