进到align目录对质量好的测序数据进行比对 1. 一个个比对，生成BAM文件 align目录 不用-R参数也可以执行，但后面gatk的时候会报...
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4 比对到参考基因组输出bam文件
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总目录:三阴性乳腺癌全外显子分析(wes)(大样本727个)如果想看小样本的请移步全外显子测序(wes)数据分析详细流程（小样本） 说明：数据分析来自Genomic and Transcriptomic ...
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WES/WGS，call变异流程学习。
WES/WGS，call变异流程学习。 第一步，QC 传统方法，FastQC 安装 FastQC的运行非常简单，直接在终端通过命令行是最有效直接...
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conda的安装与使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了。前两天有个胖友问...
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NGS中的几个为什么(持续更新)
参考试论NGS数据的Duplication问题初步分析PCR duplication的情况仔细探究samtools的rmdup是如何行使去除PC...
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「博客翻译」SNP过滤教程（一）原文地址: SNP Filtering Tutorial 感觉文章写的真棒，于是就翻译了一遍 目标 学习如何使用VCFtools根据缺失信息，基...
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外显子组及全外显子组测序WES1 外显子和外显子组 外显子是蛋白质的编码区域，是这和生物基因组的一部分。基因组中的全部外显子称为外显子组。人类基因组大约有1.8*10^5个外...
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Samtools和Bcftools
Samtools和Bcftools简介 SAMtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集，包含有许多命令。BCFtools主要是用来操...
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WES 分析（从下载数据到IGV）1. 数据下载 SRP077971 选取其中三个wes下载 下载sra数据，每个耗时～25min sra转为fastq.gz(每个耗时～30mi...
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2018-09-24 wes流程文件解读2
上次我们整理到bwa比对后得到bam文件，下一步我们要通过GATK流程从bam文件中call variant。一、使用GATK前须知事项： 对G...
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测序
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