整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 Bowtie 2是常用的基因组比对软件。其原理在此不过多赘述，有兴趣的同...
IP属地：山东
-
BOWTIE2 进行基因组比对
-
-
1.CUT&Tag 数据分析实战（1）跟着官网[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/]学习CUT&Tag数据分析，参考：protocol[https://w...
-
实用生信小技巧：利用pysam高效处理bam文件
由于bam文件是二进制的压缩文件，正常情况下我们无法用普通编辑器打开查看，一般情况下我们借助samtools软件来对文件进行处理。但很多小伙伴一定遇到过这样的问题：如果我想对...
-
Multi-omics Hammer软件之fasta序列基因(转录本/染色体)重命名上一篇推文主要介绍了一下使用Multi-omics Hammer软件的Genome_relate工具箱的ptree_rename功能进行对进化树进行重命名，本篇就接着上一篇推...
-
2023-04-21提取fasta文件中的LOC开头的id
目的：提取fasta文件id中的‘LOC107408734’ NM_001323852.1 polyphenol oxidase, chloroplastic-like (...
-
浅浅的学习历程<br>生信新手，打工人，搬运工。<br>像王子文一样财务自由，才可实现生育自由<br>像李子柒一样把一件事情做到极致，才可实现职业自由
-
如何使用conda安装R和R包
生物信息分析常遇到R[https://www.plob.org/tag/r]和R包使用和安装问题，最新版的R包特别难安装，而conda可以很好的解决这个问题。conda的安装...
-
Ubuntu 上安装 Java
有很多不同的 Java 实现。OpenJDK 和 Oracle Java 是最主要的两个 Java 实现，除了 Oracle Java 拥有极少的一些额外特性之外，它们两个基...
-
bioinfo100-第12题-trim与cutadapt 先用哪个？参考： 孟浩巍的知乎zhn 第12题 trim与cutadapt 先用哪个? Hello大家好！我们又见面了！ 上一次我们说到了cutadapt软件的使用问题，其中我们着重强...
-
-
-
基因家族鉴定与分析关于基因家族鉴定及表达分析步骤，包括数据的获取，软件的使用，步骤流程。需要批量的重复步骤可使用脚本来完成。 1.1 此页面下载 hmm文件 1.2 blastp 比对鉴定...
-
已毕业，抱歉不搞这个了
-
linux批量下载SRA数据并完成数据转换最近在收集NCBI中的相关数据，进行meta分析，探讨石油污染对土壤微生物群落在系统发育层面的影响。 每个文件中都有对应的SRR_Acc_List.txt文件记录了相对应的序...
-
山东省花生研究所
-
NCBI批量下载SRA文件并用SRA Toolkit提取Fastq文件准备工作：先下载安装IDM（百度：internet download manager，收费软件，有绿色汉化版），IDM支持断点续传和多线程，并且可以自建下载队列批量下载，非常...
-
sratoolkit下载sra数据库的微生物数据及转为Fastq格式Linux安装sratoolkit NCBI查看安装帮助NCBI SRA Toolkit 下载、解压安装 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.ni...
-
本科毕业于浙江大学，硕士毕业于复旦大学，浙大读博ing。<br>如果没有及时回复可以发送邮件：jlyq617@gmail.com
-
SRA批量下载及转为Fastq格式NCBI中会将测序等数据压缩成sra格式。本文介绍如何批量下载sra文件及转化为Fastq格式。 下载SRA文件sratoolkit 从NCBI官网下载sratoolkit选...
