参考文献：时空组学技术新发展 《中国生物工程杂志》 引入 为什么出现时空组学技术？ Bulk测序技术--组织-- 单细胞测序技术--单个细胞--解析细胞间的异质性/组织失去了...
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时空组学技术发展概述
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优秀啊，plink当中的--keep-allele-order，可以不让ref和alt改变位置
如何快速简化vcf信息？
需求描述 vcf是标准的基因型格式文件，其中包含的信息可多可少。主要在于INFO可无限扩展特征，以及每个样本的FORMAT信息，会大大增加vcf文件的大小。一般来说，GATK...
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VCF变异统计及绘制染色体分布图VCF文件的变异分布图，除了使用Circos图之外，统计特定材料间的变异分布情况时可能会用到染色体分布图，为了节省时间，实现统计及绘图的自动化，现提供统计数量用的Python...
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你好想请问一下，为啥这个计算之后lod值变小了
3.QTL定位：Rqtl —— Multiple-QTL analyses
在进行单QTL和双QTL基因组扫描后，最好将确定的位点合并成一个联合模型，然后进一步探讨QTL的可能性。 在此工作中，我们使用由makeqtl()创建的QTL对象，利用fit...
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#R的学习笔记03(未完)以下内容为阅读医学统计学笔记与R语言[https://bookdown.org/wxhyihuan/Notebook-of-medical-statistics-160585...
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求任意一组数据的概率密度函数
我们在统计数据处理时，经常计算一个样本的概率密度估计，也就是说给出一组统计数据，要求你绘制出它的概率分布曲线，matlab的统计工具箱中有直接的函数就是：Ksdensity核...
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@fatlady 我已经找到原因啦 因为之前都过滤掉了
测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth
00 写在前面 测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理，记得一定要拿回raw data，同时弄清...
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师兄加油！
2022年度总结及2023展望
2022年是比较魔幻的一年，2月份在海南遭遇了有史以来最大皮肉之苦，整个人从电瓶车上摔了下来，身上七七八八的擦伤，打完补丁后仿佛是个木乃伊，好在没有破相和伤到骨头。认识到了电...
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2022年度总结及2023展望
2022年是比较魔幻的一年，2月份在海南遭遇了有史以来最大皮肉之苦，整个人从电瓶车上摔了下来，身上七七八八的擦伤，打完补丁后仿佛是个木乃伊，好在没有破相和伤到骨头。认识到了电...
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[文献分享]从群体遗传中探寻自然选择与基因表达的关系今天分享一篇2019年12月发表在Nature上的长文"The strength and pattern of natural selection on gene expr...
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GWAS之表型最优无偏预测（BLUP)与遗传力计算表型分析之最优无偏预测 最佳线性无偏预测（Best Linear Unbiased Prediction，简称BLUP）可以对多环境数据进行整合，去除环境效应，得到个体稳定遗...
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@铃_0d92 你好我也是这个问题 请问您解决了吗？
变异vcf文件可视化神器
今天给大家带来一款非常方便好用的SNP变异vcf文件可视化神器:VariantQC。听到这个名字有没有似曾相识的感觉，嘿嘿嘿。没错，那就是FastqC了。相信大家对这个软件肯...
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samtools flagstat：0 + 0 properly paired (0.00% : N/A)一开始的脚本是这样的 然后想统计有多少read比对到参考基因组上，就用samtools falgstat ，结果发现0 + 0 properly paired (0.00% ...
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您好，我按照 samtools flagstat $i | sed -n '5p' >>bam.mappedreads统计，结果比对率全是100%，这应该有问题的把
测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth
00 写在前面 测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理，记得一定要拿回raw data，同时弄清...
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启动子研究方法高质量总结原文链接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/401460339 (伯远生物) 01 启动子的基本类型 启动子是基因的重要组成部分，其主要功能为调控基...
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GATK WARN 0字节故事是这样的，当我使用gatk HaplotypeCaller这个命令运行时，有快有慢，我就知道一定会有问题，当我按照生成的log日志按照文件大小排列，直接查看最小的文件时，...
