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  • 负链这样对吗?

    samtools view -b -f 144 $bam > $name.rev1.bam
    samtools view -b -f 64 -F 16 $bam > $name.rev2.bam
    samtools merge -f $name.rev.bam $name.rev1.bam $name.rev2.bam

    链特异性建库如何区分正负链?

    写在前面的废话 经过这两周意外的断更,我明白了一个道理,人都是具有惯性的…… 两周没写公众号,我似乎都习惯了懒惰,文章不想更了,笔记也懒得记了。 但是我没忍住双十一的诱惑,一...

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    motif分析——从实战到原理(Homer篇)

    一、不求甚解系列 软件下载及配置 conda安装: conda install -c bioconda homer 使用configureHomer.pl完成HOMER软件的...

  • 成功打开了页面,进入了项目文件夹,左边侧边栏也出来了,可是怎么执行R脚本呢?

    在VS Code中使用本地R——windows系统

    1、效果图 先浏览一下最终的效果图: 亮点: 语法高亮 自动补全 代码执行 查看包的介绍、函数定义 参数预览 多彩R Console 下面介绍一下相关配置。 2、安装R插件 ...

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    2020-06-17 BAM文件flag的释义

    BAM文件中flag的释义一直很含糊,看了很多官方文档和博客都解释得似懂非懂,今天就详细地了解了一下,首先: 图中有两条记录,其中第二列即为flag值。这个值是由多个“基本的...

  • 转录本的index是干嘛的?后续怎么用

    hisat2构建基因组index

    选用:gencode的GRCm38.fasta和gtf 第一步:转录本的index: extract_exons.py gencode.vM19.annotation.gtf...

  • 信息时代为何你愈感乏力?

    最近,我了解到一个词语,“心智残疾”。事情发生于约1年前,我开始用上各种工具帮助自己记录时间,总结一天发生的事,但我发现是异常困难的,自己的时光总是感到莫名其妙流逝。就这样零...

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    你知道吗?有一种工伤叫“心智残疾”

    你是否经常在工作的时候时常会不自觉的翻看手机? 你是否经常在排队等待时不时的打开手机? 你是否在看这篇文章的时候也在干着其他事情? 若有类似的习惯,恭喜你和我一样都是一名心智...