原理我们已经在前文中讨论过了，这次主要是代码实战 1. 定义一个数据集 2. PCA主函数 3. 选出值最高的两个PC 我们在PCA原理部分已经讲过了，十个样本，会产生10...
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用R做主成分分析（PCA）及基本参数的选择 -
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箱子的宽度一般都是一样的，使用width=控制的，箱的宽度不一样，你是转置了吗
个人向ggplot2箱线图总结
主要从如何看图、用图与作图三个方面来对箱线图进行理解和总结。 1、看图 如图所示，箱线图是将一组数据按照大小顺序排列后进行绘制的，包含6个数据节点，分别表示出数据的上边缘、上...
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WGCNA学习：WGCNA分析实战WGCNA笔记第三弹 WGCNA分析原理 WGCNA应用场景 WGCNA分析实践 本代码借鉴了生信技能树的WGCNA教程以及PlanTech的WGCNA课程编写，转载请注明出...
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WGCNA构建基因共表达网络详细教程这篇文章更多的是对于混乱的中文资源的梳理，并补充了一些没有提到的重要参数，希望大家不会踩坑。 1. 简介 1.1 背景 WGCNA（weighted gene co-expr...
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geom_boxplot(size= )
个人向ggplot2箱线图总结
主要从如何看图、用图与作图三个方面来对箱线图进行理解和总结。 1、看图 如图所示，箱线图是将一组数据按照大小顺序排列后进行绘制的，包含6个数据节点，分别表示出数据的上边缘、上...
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RNA-seq分析：从软件安装到富集分析详细过程
RNA-seq分析简洁版[https://www.jianshu.com/p/72c871663e62],用重新下载的肝癌数据[https://www.ncbi.nlm.ni...
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RNA-seq完整分析过程linux基本命令 第六章 Linux文件与目录管理 极客学院服务器 高通量相关基础知识 生信一百讲 1、 Anaconda Anaconda是一个Python下和Canop...
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GEO数据挖掘小尝试：（三）利用clusterProfiler进行富集分析clusterProfiler 是业界大神Y叔写的一个R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO（Disease Ontology analysis）、Reacto...
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浅探富集分析中的超几何分布当我们从测序数据中得到了一系列的基因后，我们需要研究这些基因都属于那些通路，那些通路是跟我们研究课题相关的。为了解决这一问题，最常用的做法就是做通路注释然后做通路富集分析，看...
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安装clusterProfiler包
在R-3.4.3版本中，这次重新安装总是报错： 其实之前是真的已经载入了的，目前也不知道什么原因。 由于get了新技能，发现Rstudio中可以切换新旧版本，切换版本后要退出...
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clusterProfiler: 分析+可视化GO和KEGG富集的转录组R包写作之友 基因和基因簇的功能谱 (functional profiles) 的统计学分析及可视化 G Yu, LG Wang, Y Han, QY He. clusterPr...
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R语言富集分析clusterProfiler
介绍 y叔的包，支持GO,KEGG,GSEA等富集分析。同时还整合了gene id转换，富集结果可视化等等功能。 代码 首先当我们通过差异基因或者其他方式获得一个基因子集之后...
