GATK4的HaplotypeCaller确实会默认去重,但是好像可以通过 --disable-read-filter MateOnSameContigOrNoMappedMateReadFilter关闭(关闭去重过滤器),你可以试试
GATK4变异检测(bwa+samtools+Picard+GATK)一.软件下载安装 🔸bwa:https://github.com/lh3/bwa[https://github.com/lh3/bwa]安装及命令详解参考:http://st...
GATK4的HaplotypeCaller确实会默认去重,但是好像可以通过 --disable-read-filter MateOnSameContigOrNoMappedMateReadFilter关闭(关闭去重过滤器),你可以试试
GATK4变异检测(bwa+samtools+Picard+GATK)一.软件下载安装 🔸bwa:https://github.com/lh3/bwa[https://github.com/lh3/bwa]安装及命令详解参考:http://st...