你的dRep结果文件的figures中有没有图片损坏打不开的情况
dRep物种集去冗余drep可对基因组集去冗余，留下非冗余基因组集。从运行过程来看，先进行基因预测，然后用chekm做基因组质控，也因此需要安装配置checkm，去冗余基于ANI有关的参数。 文...
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完整度和污染度的参数设置有什么文献或说法吗？为啥是70和10
dRep物种集去冗余
drep可对基因组集去冗余，留下非冗余基因组集。从运行过程来看，先进行基因预测，然后用chekm做基因组质控，也因此需要安装配置checkm，去冗余基于ANI有关的参数。 文...
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@Asa12138 谢谢老哥解答，如果顺序没有影响我就用这个了，我之前在哪看过kneadata加reorder参数是为了后续的什么操作，可能是可视化方面的操作，我忘记了；我说的sam转bam然后得到fastq是我在哪看到的可以通过samtools保证输入输出序列顺序一致
Metagenomic workflow 宏基因组分析流程
更新 查看新版：宏基因组分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持续更新 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jiansh...
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因为我之前用kneadata去宿主，我看教程的参数里有bowtie2的--reorder参数，而改用bowtie后，使用的--un-conc-gz得到的fastq文件，不知道对于后续的宏基因组分析有没有什么影响，
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bowtie2有个reorder参数，如果用sam转bam然后samtools再转回fastq文件可以保证输出序列和输入序列顺序一致，我没有查到使用--un-conc-gz得到的这两个fastq文件是不是也是按与输入文件顺序一致生成的，
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请问bowtie2去宿主，是使用--un-conc-gz产生的那两个文件用于后续分析吗？我看有人用sam文件然后去用samtools生成bam去做
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这个分箱完还需要加一步refineM去污染吗
宏基因组最佳分箱工具Metabat2
导读 Metabat是近几年所有分箱工具中最受欢迎的工具（引用达460+）。 2019年发表在PeerJ上的新版Metabat2更是在完成度、效率等多方面均优于Metabat...
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@Asa12138 谢谢老哥回复 ， 才看到，我之前是有一个菌一直kneaddata报错，后来发现是传数据丢了一部分导致fasta格式错误打不开 谢谢谢谢
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我看kneaddata里在进行完trimmomatic还进行了trf去除串联重复，如果fastp不做trf这步会有影响吗
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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我是先装的ballgown,显示要R4.2.3,然后装其他软件时显示需要4.2.0, tidyverse是在R3.6上装好的，有个1.7.12stringi是在r3.6时装好的，结果新下载r版本装tidyverse时还是显示缺这个，但是怎么也装不上了。不过已经放弃在centos7上操作了，在windows上这些都可以在4.2.3上用，我是野生自学的，流程上写的啥我就按照流程安装软件的
转录组上游分析教程 | 第一章 生信软件的安装
继续Linux基础的教程，该教程内容是安装生信分析软件。 1.8 生信软件的安装 有root权限（可以使用yum或apt-get命令安装） （推荐） 1.9 创建小环境进行分...
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KOG 注释简明指南写在前面 午间，收到朋友求助，问及如何进行序列的 KOG 注释...Emmm，这个可就太久远了。事实上，无论是 COG 还是 KOG 数据库，基本都没怎么更新过。其中 KOG...
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上班后很现实的问题~并不简单
1.工资6000-8000,基本上工资也就3000 -4000。 2.工资面议，工资-般都不高， 怕你看到工资少直接不来面试了。 3.公司不打卡，早上来得晚，晚上也走得晚。 ...
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ballgown需要在4.2.3版本的r下载的，genefilter需要在4.2.0版本下载，devtools在r3.6.0下载的，同一个流程怎么把这些软件都用上呢？因为我在rstudio上切换到不同版本的r之后，对应的其他R版本下的软件就显示无了
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ballgown需要在4.2.3版本的r下载的，genefilter需要在4.2.0版本下载，devtools在r3.6.0下载的，同一个流程怎么把这些软件都用上呢？因为我在rstudio上切换到不同版本的r之后，对应的其他R版本下的软件就显示无了，而rstudio同一时间只能连接一个R版本
WGCNA之labels2colors()
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转录组流程（Hisat2（略）+StringTie+ballgown）
我这里只是用了4个数据进行测试，分成两组（随意写的，仅供测试，在ballgown可以看到）；hisat2比对后，samtools sort生成sort.bam，用于strin...
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转录组差异表达分析—ballgown
ballgown是一个差异表达分析RNA-Seq数据的R包 对数据的要求： 1. RNA-Seqreads应已比对到参考基因组上。 2.转录组应已经组装或下载参考转录组。 3...
