想去这样的实验室🤐，图源水印 需要下载两个文件： cytoband文件 gencode注释文件 用到的包： 文件下载到本地后，简单粗暴读取 先对 cytobandfile 做...
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cytoband坐标+gencode注释一步get基因名 -
NCBI数据快速下载工具：aspera的安装与使用
前言生物信息分析总是避不开从NCBI上下载数据，但是很多时候通过浏览器登录NCBI都费劲，更别说下载大量的数据了。NR和NT数据库是做序列比对经常用到的数据库下载链接： In...
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服务器配置个人R环境
大佬的文章：https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d[https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d] 菜鸡...
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DNA甲基化数据分析全流程
2021-01-01 更新 简单记录一下平时的分析过程 和RNA-seq前期流程类似 -- 质控、去接头、比对参考基因组、排序 后期就是要提取甲基化位点，包括CpG、CHG、...
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如何获得基因组CpG位点信息 —— Package：BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
简单的例子 运行结果如下： 如此根据染色体序号循环即可得到保存整个基因组的CpG位点的RData。 Biostrings BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg1...
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TCGA生存模型的构建以及模型预测和评估生存模型的构建方法包括：1. Lasso回归；2. Cox多因素回归；3. 随机森林；4. 支持向量机 可以把log_rank_test或cox筛选出的基因单独做模型构建，也...
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生信＋实验：最全单基因研究套路总结
随着测序技术的发展，每年测序数据量以PB级增长。随着海量测序数据的增长，越来越多的研究人员开始挖掘公共数据库中的测序数据的意义。已有很多研究表明，某个基因可能参与了某种肿瘤的...
