PopSizeABC的原理：1.根据观测数据（真实数据）估算SFS和LD2.考虑了大量随机种群历史变化情景。对于每个历史变化情景，都会模拟许多序列。这些序列可以反映相应的历史...
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PopSizeABC：一百万年至今的种群历史模拟 demographic history -
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R语言PCA分析及作图
https://blog.csdn.net/LuohenYJ/article/details/97950522[https://blog.csdn.net/LuohenYJ/...
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VCFtools的使用(参数说明)
写在前面：当学习某一重要文件格式时，更需要对此格式对应软件工具进行全面的学习（如sam/bam——samtools）。在多次花时间写脚本处理文件之后发现，80%左右的任务其实...
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bcftools：根据染色体提取vcf中的信息
根据染色体提取vcf中的信息： bcftools view -r chr20,chr21,chr22 NA12878.vcf.gz -o NA12878.vcf.chr20_...
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理解vcf文件中的“0/1与0|1”
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SNPs calling流程（GATK4）
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SNP过滤教程（通用过滤）
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GATK4.1 call SNP 和过滤
https://www.cnblogs.com/zhanmaomao/p/12487349.html[https://www.cnblogs.com/zhanmaomao/p...
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用GATK进行二代测序数据 SNP Calling 流程：（四）变异过滤
https://blog.csdn.net/Gossie/article/details/109320960[https://blog.csdn.net/Gossie/art...
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GWAS全基因组关联分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
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SNP过滤时常用参数的解析（群体遗传）关于为何要进行SNP的过滤： 第一，低质量和无信息的SNP会影响后续群体结构或GWAS的分析结果，甚至影响后续对生物学问题的解释；第二，群体研究时，由于测序的个体较多检测出来...
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Linux 安裝 Singularity 3 容器與基本使用教學
https://blog.gtwang.org/linux/singularity-3-installation-and-usage-tutorial/[https://bl...
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深入了解snp-calling流程
https://ming-lian.github.io/2019/02/08/call-snp/[https://ming-lian.github.io/2019/02/08...
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GATK4 流程分析- 从fastq到vcf
GATK4 流程分析- 从fastq到vcf - Beccaliii的文章 - 知乎https://zhuanlan.zhihu.com/p/69726572[https:/...
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修改vcf文件中的染色体名
问题描述 在生物信息分析过程中，常常需要修改 vcf 染色体名称，即删除染色体名中的chr字符或添加chr字符到vcf文件中。 这里使用shell脚本和bcftools两种方...
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苦逼的科研狗<br>记性不好所以一些东西就写下来加深印象，正好分享给一些需要的朋友
