条形图简介 在SCI论文的数据图表中,作者习惯于用条形图来表示分类数据的分布特征。在ggplot2中,条柱对应的几何对象函数为geom_bar(), 它的功能就是展示计数数据...
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今天要模仿的图片来自于论文 Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions ...
MACS2是peak calling最常用的工具。 callpeak用法 这是MACS2的主要功能,因为MACS2的目的就是找peak,其他功能都是可有可无,唯独callpe...
应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍,当下应用最火热的是10X Genomics公司的解决方案,但是在某些特殊或者少量细胞样本的单细胞转录组研究中,Smart-seq2技...
一、不求甚解系列 软件下载及配置 conda安装: conda install -c bioconda homer 使用configureHomer.pl完成HOMER软件的...
多种批次效应去除的方法比较 原创 生信技能树 前面我在生信技能树推文:你确定你的差异基因找对了吗? 提出了文章的转录组数据的60个样品并没有按照毒品上瘾与否这个表型来区分,而...
刘小泽写于2018.8.20利用htseq-count、featureCounts等定量软件生成的counts计数文件都是单独的,后续进行统计需要将它们汇集到一起 实例测试(...
在单细胞测序下游分析中,当重点关注哪些基因在所有细胞平均表达显著时,可选取所选取的top基因进行可视化。 0、scater包方法 在scaterR包里,有个函数plotHig...
在跑完htseq或者featureCounts之后会生成很多个如下的样本表达矩阵: 我们看一下每个样本有多少行: 发现都是55455行,这样的话就可以按行合并: 最后生成如下...