老哥，做基因组转录组预测时候，如果和知道自己注释结果的合理性呢？比对到参考基因组后组装的转录本进行busco评估吗？
全长转录组分析-小麦前言 近期分析了一部分小麦的全长转录组数据，参考了网上许多流程，收获良多，在此记录一下 全长转录组测序基于PacBio单分子实时测序技术（SMRT cell）,凭借超长读长的...
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想请教一下，为什么结果会有负值呢，负值代表什么含义呢，希望能得到回复
群体遗传学亲缘关系分析
亲缘关系分析实操 前期准备 给标记加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈现，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各个SNP位点的ID。先看一下最开始生成的VCF文...
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请教一下，N50结果偏低，conig数量很多，-D 与-N设置成多少合适。
hifiasm对HiFi PacBio进行组装
hifiasm是一个能有效利用PacBio HiFi测序技术，在分型组装图(pahsed assembly gprah)中可靠的表示单倍体信息的算法。 流程介绍 hifias...
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想问一下使用samtools depth -f 里边list文件格式是什么样的 我只计算单个位点的测序深度 scaffold020868318.1 333335 333335 （用制表符分割）是这样吗
Samtools统计测序深度
用法1：利用-b 制作bed位置文件，在单个样本中计算这些位置的深度。 Usage: samtools depth [options] in1.bam [in2.bam [....
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bamdst: bam文件深度统计
下载安装 git clone https://github.com/shiquan/bamdst.gitcd bamdst/make 使用 先看看example/里面有些啥 ...
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我只有scaffold 上snp位点的位置能提取吗
如何从vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位点？
需求 客户的一个简单需求： 我有一批功能基因位点，想从重测序的群体材料中找到这些位点，如何批量快速获得？ 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh...
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WGS全基因组分析||VCFTOOLS使用
写在前面：当学习某一重要文件格式时，更需要对此格式对应软件工具进行全面的学习（如sam/bam——samtools）。在多次花时间写脚本处理文件之后发现，80%左右的任务其实...
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从picard 谈linux上软件的安装
一、进入https://anaconda.org/ 查看，如果有，那就太方便啦！picard 就是有的！害，我白忙活了一下午 conda install -c biocond...
