作者，Evil Genius 今天我们来继续分享关于空间转录组的内容，回到之前的一个分析，空间转录组有四大矩阵 1、分子矩阵，gene X barcode，这是最开始大家拿到...
IP属地：上海
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空间转录组学数据分析细胞邻域依赖的基因表达(分子邻域) -
高斯－马尔可夫定理 以及为什么最小二乘法是最佳线性无偏估计1、背景 在做机器学习和线性回归的时候，经常会遇到不讲道理的最小二乘法，优化的目标是(yi-y)^2最小，这个结论非常暴力，为啥不是三次方，四次方，他的来源是什么呢？本文参考...
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10X空间转录组空间依赖性基因共表达表征分析之SpaceXhello，大家好，其实之前已经给大家已经分享过很多空间基因共表达模式的文章，今天给大家介绍一个新的方法，用于评断在组织中不同空间位置或细胞类型的基因-基因共表达的表征能够描...
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【r<-ggplot2】修改x和y轴刻度这个R tutorial描述如何使用ggplot2包修改x和y轴刻度。同样，该文包含如何执行轴转换（对数化，开方等）和日期转换。 准备数据 使用ToothGrowth： 请确...
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R语言ggboxplot-一文掌握箱线图绘制所有细节作者：白介素2相关阅读：R语言ggplot2绘制箱线图R语言生存分析04-Cox比例风险模型诊断R语言生存分析03-Cox比例风险模型R语言生存分析-02-ggforestR...
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sctransform通过仿射变化对单细胞数据进行标准化参考文献链接：《Normalization and variance stabilization of single-cell RNA-seq data using regu...
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空间转录组应用领域与研究思路
作者：路子审稿：童蒙编辑：angelica 细胞位置信息对于干细胞分化，组织发育以及肿瘤组织微环境起着重大的作用，那么空间转录组在这些研究领域中是如何设计如何解决科学问题的呢...
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R 数据可视化 —— 集合可视化 UpSetR前言 上一节，我们介绍了如何绘制韦恩图来显示集合间的交叠关系 但是，随着集合的增多，韦恩图显示的关系会越来越复杂，很难一眼看出其中的信息。 今天，我们要介绍的是，当集合数目较...
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空间转录组第十讲：空转的细胞分化（拟时序分析）该怎么玩
在发育过程中，细胞会对刺激做出反应，在整个生命过程中，从一种功能性“状态”转变为另一种功能性“状态”。拟时序分析（pseudo-time），它指通过构建细胞间的变化轨迹来重塑...
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loomR介绍及使用指南随着单细胞技术的发展，数据量增加使得计算需求呈指数增长。分析单细胞数据时，使用稀100000个细胞的系数矩阵处理对于Seurat 来说就很有挑战性。HDF5 格式现在被用于储...
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单细胞数据处理小细节汇总1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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scRNA-Seq | Cell Ranger 定量Cell Ranger 是 10X Genomics为单细胞分析专门打造的分析软件，直接对10X的下机数据进行基因组比对、定量、生成单细胞矩阵、聚类以及其他的分析等。所以Ce...
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RNA-Seq测序数据分析和差异表达基因鉴定，注释本文是由比利时列日大学Marc HANIKENNE课程整理。陆陆续续花费1个月完成，根据需要做的主要内容分为四个部分。第一部分：将RNA-seq数据映射到参考基因组上第二部分...
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【陈巍学基因-2】RNA-seq
欢迎关注oddxix RNA-seq是高通量测序中最常见的一种应用，本期视频介绍其：1.方法原理2.生物信息分析 表达差异（1）火山图展示（2）聚类分析（3）GO分析（4）P...
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【RNA-seq自学02】RNAseq的原理及流程RNAseq是一种高通量测序技术。它可以帮助我们理解在各种比较条件下，所有基因的表达情况的差异。可以检测的差异有：正常组织和肿瘤组织的之间的差异；也可以检测药物治疗前后基因表...
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RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗本节概览：1.在文章中找到 GEO accession number, 从NCBI获取数据SRR号2.在linux中使用prefetch命令根据SRR号下载SRA文件3.使用...
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论文阅读“A Clustering-guided Contrastive Fusion for Multi-view Representation Learning”Ke G, Chao G, Wang X, et al. A Clustering-guided Contrastive Fusion for Multi-view Repr...
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