本节的内容只有一个，就是对绘图的讲解。包括文本，轴线，颜色，图例，标题等等图形元素的调整，直到达到发表的水平。 代码解释 1.前面课程的代码重现 2.字体和标签的修改 3.颜...
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R绘图的生物学家（5）：Tweaking everything in your plots -
转录组入门（8）：差异基因结果注释作业要求 我们统一选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集，对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。然后把表达矩阵和分组信息分...
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RNA-seq入门实战（二）：上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon本节概览：hisat2 + featureCounts:获取hisat2索引文件，hisat2比对和samtools格式转化，featureCounts计数得到counts表...
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RNA-seq入门实战（零）：RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建前言：进行RNA-seq入门实战首先需要有一定的linux与R基础，推荐跟着B站生信技能树-jimmy老师学习打牢基础：【生信技能树】生信人应该这样学linux(更新至第14...
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RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗本节概览：1.在文章中找到 GEO accession number, 从NCBI获取数据SRR号2.在linux中使用prefetch命令根据SRR号下载SRA文件3.使用...
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RNA-seq(1) :用conda安装RNA-seq所需要的工具
写在前面: 来自生信技能树《生信必修课之软件安装》学会用包管理工具安装软件 普通安装和配置，请看这篇Linux下bowtie2安装(非conda)和配置 注意 现在清华镜像源...
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水稻RNA-seq数据分析（上游）
水稻（学名：Oryza sativa）是草本稻属的一种，也是稻属中作为粮食的最主要最悠久的一种，又称为亚洲型栽培稻，简单来说也可以说是稻。全世界有半数以上人口以水稻为主食[1...
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GFF文件和基因组文件提取mRNA,cds,protein序列首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,转录本序列 接下来我们利用组合工具来提取mRNA,和gene序列 注意用bedtools提取序列，要加-s 参数（能区分正反链...
