流程 1.安装与启动 2.文件准备 （1）Metadata fileshttps://docs.qiime2.org/2019.7/tutorials/metadata/ （...
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R：Bray-Curtis NMDS导读 Bray-Curtis NMDS降维分析菌群结构。 一、输入数据 1.1 菌属丰度矩阵 1.2 样品分组 二、BC NMDS函数 三、分析及结果 3.1 结果文件 3....
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微生物组16S rRNA数据分析小结：从fastq测序数据到OTU table笔记内容：由二代测序产生的序列数据（fastq格式）到物种丰度的OTU table， 样本群落距离矩阵，物种多样性指数，序列的进化树及物种注释信息的分析结果，为常规分析流程。...
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微生物组16S rRNA数据分析小结：raw data sequence及其注意事项笔记内容：拿到原始数据后，在做上游分析之前，需要了解和注意的：16s rRNA是什么，测它有什么用序列文件(raw sequence data)是怎么来的？raw seque...
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微生物组16S rRNA数据分析小结: qiime2-2019.1本次笔记内容：qiime2-2019.1的16s分析流程，以没有barcode，以demultiplexed的fastq文件为input.同微生物组16S rRNA数据分析小...
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微生物组16S rRNA数据分析小结：从OTU table到marker物种笔记内容：由二代测序产生的序列数据（.fastq）到OTU table， 距离矩阵，物种多样性指数，序列的进化树及物种注释信息的可分析数据，为常规分析流程。可以使用usear...
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16S测序分析（三）用LEfSe寻找组间差异细菌导读 前面已经介绍了获取菌属相对丰度表的方法，以及多样性分析中的基本概念和计算方法。接下来将开始介绍一种寻找组间差异细菌的常用方法LEfSe。LEfSe（Linear dis...
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16S测序分析（一）菌属丰度表获取导读 Miseq 16S amplicon V3V4 PE300测序是目前菌群结构谱研究最为常用的测序手段。本文将以此类测序的下机数据为例展示“如何从Miseq测序数据中快速...
