Orthologs（直系同源基因）: homolog的一种。在两个物种形成之前，是它们共同祖先里面的一个基因，跟着新主子去了新形成的物种，之后可能各自有一些不同的变化。是不同...
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OrthoFinder寻找同源蛋白 -
MeMe——motif 分析download motif database 下载motif的database 运行MEME-CHIP -o summit.l50.r50.meme-chip: S...
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Win11系统安装WSL时的报错和解决方法
安装Ubuntu系统 1.设置 打开控制面板 -- 程序 -- 启动或关闭Windows功能 -- 勾选"适用于Linux的Windows子系统" 和 "虚拟机平台" -- ...
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seqtk 基因组进行格式化，固定60bp换行。
seqtk 是一个快速和轻量级的工具，用于处理序列数据。要将基因组解析处理，使每条染色体变成60bp一行，可以使用 seqtk seq 命令。 假设你有一个基因组文件 gen...
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conda 安装micromamba
确保 micromamba 安装在 conda 环境中 初始化 micromamba Shell Hook运行以下命令来初始化当前的 shell： 初始化 micromamb...
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安装mamba 以及打包并迁移环境
1. 创建文件夹 2.下降mamba文件 3. 解压 4.配置环境变量 5. 设置源，将以下内容保存到~/.mambarc 即可。 创建环境 python=2.7 并安装软件...
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windows中 Excel导出文件多换行符问题
最近遇见一个奇葩问题，从excel 导出的文件，导入服务器进行处理老是报错。 后来发现原来windows导出后自带换行符。 例如 使用cat -v命令显示文件中的非打印字符：...
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从SAM文件中提取已比对的reads并输出为双端FASTQ文件
将SAM文件转换为BAM文件：首先，将SAM文件转换为BAM文件，这样更容易处理。可以使用samtools进行转换： 从BAM文件中提取比对上的reads：使用samtool...
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计算Veen图中的P values这里的a为A数据集的基因数，b为B数据集的基因数，inter为两者交集的基因数。 这里需要解释的是代码phyper(inter-1, a, 20000-a, b, lower...
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利用Tbtools提取Fasta序列1.打开软件--Fasttools----》Fast Extract(recommended) 2. 建立基因组索引 3. 设置输出数据路径 4.设置输入数据，\t f分开。...
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提取Rice RNA-seq Database（南方科大）数据1. 数据来源于这个网站，下载水稻所有RNA-seq数据 2. 准备自己的基因IDs文件, 注意基因是一行，而且空格隔开。 3. 利用脚本提取所有目标基因的所有样本的表达谱数...
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ChIP-seq 质量检测1. Call peaks 并去除blacklists 2. 计算文库复杂度 #注意这里采用的是未过滤的bam files。 3. 计算FRIPs 4. 计算cross c...
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数据前期准备----基因组数据和注释文件处理包括fasta文件处理，以及gff3转gtf，gtf转bed文件 1. 下载数据 2.基因组序列处理 2.1处理前 2.2 处理后 3. 构建 index, 第二列代表序列长...