如何获取 TSS bed 文件？1.下载地址：UCSC-refFlat.txt.gz[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//hgdo...
IP属地：重庆
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CUT&Tag 数据分析（4）
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@e0c246092de1 根据前期自己选择的target gene及染色体位置，输出的是位置对应的所有sgrna
FlashFry crispr文库设计
1. 环境安装java version "1.8.0_161" 2. flashfry indexhg38索引构建，大约需要2h 3. 建库序列查询建库需求：靶基因TSS±2...
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FlashFry crispr文库设计
1. 环境安装java version "1.8.0_161" 2. flashfry indexhg38索引构建，大约需要2h 3. 建库序列查询建库需求：靶基因TSS±2...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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CUT&Tag 数据分析（3）8. 输出COUNT矩阵 前文得到了每个样本的peak，需要对peak的染色体位置、起始和终止位置、还有读取count进行统计，方便后续差异分析及基因组注释。 9. DESe...
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CUT&Tag 数据分析（2）
5. 文件格式转换 -bedpe 要求按read名排序把成对的排序到一起，warning可能是因为没排序，并不一定是数据本身的问题。 6. 样本重复性 转录因子看组间差异和重...
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CUT&Tag 数据分析（1）官网给的参数其实大多也是默认参数，建议使用管道符或者for循环，事半功倍，不然运行时间太长了。 1.检测数据完整性 公司拿到的数据无论是cleandata还是rawdata，...
