作者不用给我解答了，我自己手动改了sample_info.csv，现在已经运行成功了，细胞都注释完了
获取单细胞sample_info.csv疑问这个数据集有单细胞和RNAseq的，20,21,22是单细胞的，在根据GSE id自动下载处理GEO数据那里下载，中途报错只下载了这些文件（图3），sample_info.c...
IP属地：天津
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获取单细胞sample_info.csv疑问这个数据集有单细胞和RNAseq的，20,21,22是单细胞的，在根据GSE id自动下载处理GEO数据那里下载，中途报错只下载了这些文件（图3），sample_info.c...
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@邢博士谈科教 好的好的
omicsTools单细胞一些图优化的建议
单独绘制每个基因的feature plot，里面的unsplit_group_feature_plot拉太长了，一组基因的feature plot拼图绘制那里的话就是压的太扁...
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@邢博士谈科教 我试了一下挑精简，单个基因tsne和umap那个还是变宽了
omicsTools单细胞一些图优化的建议
单独绘制每个基因的feature plot，里面的unsplit_group_feature_plot拉太长了，一组基因的feature plot拼图绘制那里的话就是压的太扁...
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@邢博士谈科教 好那我试一下
omicsTools单细胞一些图优化的建议
单独绘制每个基因的feature plot，里面的unsplit_group_feature_plot拉太长了，一组基因的feature plot拼图绘制那里的话就是压的太扁...
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@邢博士谈科教 哦哦，那我其实要去掉转移这个样本，是不是最开始读取那一步的时候metadata文件就应该把转移的这个样本删掉，count.csv文件那里需要删掉转移的样本吗
读取单个单细胞表达矩阵文件count.txt.gz的问题求助3
质控这里根据大佬提示加了sample,运行会报错，图3是1.seurat下的metadata文件，图5是sample_info_sub.csv文件
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omicsTools单细胞一些图优化的建议单独绘制每个基因的feature plot，里面的unsplit_group_feature_plot拉太长了，一组基因的feature plot拼图绘制那里的话就是压的太扁...
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@邢博士谈科教 是发注释完的rds文件是吗，还是发最原始的raw文件
所有类型细胞中基因在不同分组的差异表达分析疑问
做这一步的时候用7.cell_anno里面的7.cell_anno_scRNAseq_seurat_cluster_res.rds能跑成功，但是用7.cell_anno_me...
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@邢博士谈科教 这个我已经打开7.cell_anno_merge_duplicated_cell_type里面的meta.data文件看过了，metadata中有效的样本分组列tissue.type是Tumor和Normal，然后cell.type是合并了细胞的名字，参数应该没有错，只有一个不同的就是cell.type旁边那里的label还是会有Dendritic_cell_1和Dendritic_cell_2这种细胞，而且我运行我上一个分析完的数据集里面合并了细胞的名字的也是成功了的
所有类型细胞中基因在不同分组的差异表达分析疑问
做这一步的时候用7.cell_anno里面的7.cell_anno_scRNAseq_seurat_cluster_res.rds能跑成功，但是用7.cell_anno_me...
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而且我发现一个很奇怪的问题，我用上一个我分析完的数据集的修改细胞名称并合并部分细胞的rds文件跑是可以成功的，这次这个数据集跑是会报错的
所有类型细胞中基因在不同分组的差异表达分析疑问
做这一步的时候用7.cell_anno里面的7.cell_anno_scRNAseq_seurat_cluster_res.rds能跑成功，但是用7.cell_anno_me...
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@邢博士谈科教 好的好的
读取单个单细胞表达矩阵文件count.txt.gz的问题求助3
质控这里根据大佬提示加了sample,运行会报错，图3是1.seurat下的metadata文件，图5是sample_info_sub.csv文件
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所有类型细胞中基因在不同分组的差异表达分析疑问做这一步的时候用7.cell_anno里面的7.cell_anno_scRNAseq_seurat_cluster_res.rds能跑成功，但是用7.cell_anno_me...
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@邢博士谈科教 大佬我填了sample会报错，我又投稿了一个，有空的时候看看呗
读取单个单细胞表达矩阵文件count.txt.gz的问题求助2
首先根据文章作者提供的metadata文件（图一），以及作者的count.txt.gz，随后读取成功得到metadata.csv和single cell_raw_scRNAs...
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读取单个单细胞表达矩阵文件count.txt.gz的问题求助3质控这里根据大佬提示加了sample,运行会报错，图3是1.seurat下的metadata文件，图5是sample_info_sub.csv文件
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读取单个单细胞表达矩阵文件count.txt.gz的问题求助2首先根据文章作者提供的metadata文件（图一），以及作者的count.txt.gz，随后读取成功得到metadata.csv和single cell_raw_scRNAs...
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@邢博士谈科教 那就是说，我要么在清洗数据提取的时候把gsm.id换成HCC01T，HCC02T这些列，要么就修改文章作者的metadata文件，把sample那一列的HCC01T，HCC02T这些手动改成GSM4505944等
读取单个单细胞表达矩阵文件count.txt.gz的问题求助
利用文章作者提供的count.txt.gz文件和metadata文件成功运行了第一步1.seurat，现在里面的文件是site里面有4种分组，我只想要tumor和normal...
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@邢博士谈科教 这一列可以提取出来，就是里面的图5
读取单个单细胞表达矩阵文件count.txt.gz的问题求助
利用文章作者提供的count.txt.gz文件和metadata文件成功运行了第一步1.seurat，现在里面的文件是site里面有4种分组，我只想要tumor和normal...
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读取单个单细胞表达矩阵文件count.txt.gz的问题求助利用文章作者提供的count.txt.gz文件和metadata文件成功运行了第一步1.seurat，现在里面的文件是site里面有4种分组，我只想要tumor和normal...
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