R语言数据分析指南

系统发育树几乎是基因家族文章的必备图，一个好看的树图的确能给文章增色不少，一般的用户可能只使用MEGA绘图，进阶一点的便会使用iTOL，evolview等2款在线绘图平台，然...

群体遗传学

家族成员的确定 找到 ”Batch-CDD"工具，输入上一步获得的hitdata.txt文件，以及蛋白序列文件，点击"start“，对其结构进行可视化. 基因家族的特征测定 ...

生信石头

放一张效果图，这些，三四年前的东西，我其实一直懒得说。 写在前面 “Gene Structure View (Advanced)”这个功能可以说，也是一时兴起写出来的。开发的...

生信石头

写在前面 从某个物种中鉴定某个家族的全部成员，一般有两种操作： 基于Domain，用hmmsearch等软件 基于序列相似性，用BLAST等软件 事实上，我个人是推荐第二种，...

生信石头

写在前面 今天我又更新了 TBtools。不过整体上是一些小的优化。并不值得长篇大论。当然，这主要是我“水”的能力还不够。正好出门在外，不想干活，那就看一下一些 paper。...

生信石头

写在前面 以前总看到问题是，基因结构可视化的问题；现在则变成了启动子元件的预测或者说可视化。这本身比较简单，也比较玄乎，所以我一直不是太乐意与别人讨论。但学院今天断网，手上的...

生信石头

写在前面 一年前，我看到课题组其他成员在整一个“进化保守区块”挖掘的工作。说实话，觉得....挺麻烦。于是我写了一个工具，具体见推文《进化保守的基因区块-可视化挖掘》。 这个...

byemax

提到寻找物种之间的同源基因，大家一般想到的是OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/） ，OrthoMCL是现在用的最多的一款来找直系同...