DataSetFromMatrix没有这个函数是什么意思呢
TCGA-数据下载整理（二）加入我们用TCGAbiolinks下载之后我们可以看一下另外一种操作 image.png data_download_from_gdc打开后发现是1208个文件夹，为什么是1...
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TCGA-数据下载整理（二）加入我们用TCGAbiolinks下载之后我们可以看一下另外一种操作 image.png data_download_from_gdc打开后发现是1208个文件夹，为什么是1...
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mRNA_exprSet <- gtf_df %>%
dplyr::filter(type=="gene",gene_biotype=="protein_coding") %>% #筛选gene,和编码指标
dplyr::select(c(gene_name,gene_id,gene_biotype)) %>%
dplyr::inner_join(expr_df_nopoint,by ="gene_id") %>%
tidyr::unite(gene_id,gene_name,gene_id,gene_biotype,sep = " | ")
如果我这里想挑选出lncRNA, 我的genebiotype应该设置为"processed_transcript","sense_overlapping","lincRNA","3prime_overlapping_ncRNA","sense_intronic","bidirectional_promoter_lncRNA","non_coding"。 那我这里type这项，是type=="gene"呢，还是type=="transcript"呢，这两者出来的lncRNA数目还是差别挺大的TCGA-数据下载整理（二）
加入我们用TCGAbiolinks下载之后我们可以看一下另外一种操作 image.png data_download_from_gdc打开后发现是1208个文件夹，为什么是1...
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努力成为R 极客<br>R和python爱好者<br>bioninfomatics
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