基因组组装之前，有一些问题还是需要注意的， genome size是多少？ 评估得到的genome heterozygosity是多少？ 重复序列的占比是多少？ 可以系统性地...
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「干活」基因组组装之前要做的：Genome Survey -
基因组De novo组装和 ALLPATHS-LG使用理论部分 该部分参考及引用陈连福的生信讲义，zhaofei的https://vip.biotrainee.com/d/103--。 由于仪器测序读长的限制等，在建库时会将DN...
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写一封信 | 给踏入大学的小朋友
展信安，万万没想到，我还是选择带一个本科生班级（都柏林学院22园艺1班）。知道我的，或许都清楚，其实我并不喜欢别人喊我「老师」云云。与我而言，叫一声「老师」和一声「师兄」，是...
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【如何使用Jellyfish进行Kmer频数统计分析？】2022年版本
软件概述 将基因组等序列文件，按长度为K的字符串进行切割、归类以及频数统计。 软件安装 软件版本：2.3.0 软件使用 可以直接查看帮助文档：man jellyfish 接下...
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探针寻找之旅（9）——BWA-aln比对短序列探针到基因组
BWA-aln简介 BWA（Burrow-Wheeler Aligner），是一款将DNA序列mapping到参考基因组上的软件，能够将差异度较小的序列比对到一个较大的参考基...
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探针寻找之旅（8）——RIdeogram绘制染色体探针分布图
安装 linux服务器都装不上，净是问题，在自己win10的电脑上装的很是顺利！> BiocManager::install("RIdeogram") 准备输入文件 kary...
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如何对基因组序列进行注释基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction...
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《植物基因组学》读后感&生物信息入门-发文
往年寒暑假都是以在家写文章度过，今年在校时候完成了，所以就把读书提上了日程。对于读书，我以前是不愿去做的，毕竟实验和文献已经消耗了大量精力。很多人读完文献可能都曾感慨：别人怎...
