功能 使用BWA + GATK进行变异检测的最佳实践流程，且优化为按染色体切分，并行进行变异检测和BQSR步骤，加快分析进度。 流程图 input.json interval...
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【WDL】7. 实践：GATK calling变异（人类） -
如何最简单、通俗地理解Python的模块？说简单点，Python模块就是带.py后缀的可执行文件，用来重复调用变量和函数。 比方说，你在数据分析过程中反复需要读取CSV文件，除了使用pandas等现成的库方法外，还可...
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基础——illumina测序原理与细节（以RNA-seq为例）目前我们主要分析的数据还是二代测序的数据，也就是大家经常挂在嘴边的 NGS，而这其中最大的赢家应该算是 illumina 测序公司了，其经典的边合成边测序（sequencin...
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随笔 |「TBtools」或如一趟「地铁」
17日，忙完了七天生信讨论会，18日，我即坐上来贵阳的高铁。休假在家两天，更是觉得不能离开。陈及时已经长大也知道事情了，若是再离开一次，我想我还是会后悔。 回到主题，高铁一路...
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史上最全 ChIP-seq 差异分析 Benchmark懒人只看这个图就好了。 benchmark 过程真的很精彩，建议通读一遍原文，附件更是有惊喜。 b： 第一行：Peak 分布的形状第二行：差异情况，是上升降低五五开，还是一面...
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Kraken的原理浅析Kraken和Kraken2（Kraken的迭代版本）是微生物组分析中最常用的软件，与其他同功能的软件相比，在速度快的前提下，准确性也很高。那么，Kraken究竟是如何做到的...
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jellyfish:快速计算kmer分布
欢迎关注"生信修炼手册"！ jellyfish可以统计DNA序列中Kmer的分布，它运行速度快，内存消耗低，支持并行，是最常用的kmer统计软件之一。 官网如下： http:...
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Nanopore数据分析软件tomoboNanopore数据分析软件tomobo Tombo is a suite of tools primarily for the identification of modi...
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群落多样性之Beta多样性（一）0 导语 再过不到一个月，就要高考了。考试固然重要，它检验的是努力，决定了起点的高度；报考更重要，它是方向，让考生从无限可能步入可能中的一种，决定了考生的未来。是啊，任你分数...
