基于群体遗传中变异信息文件VCF来分析PCA 第一种方法 可以使用plink软件直接进行分析 plink --vcf all_genotypegvcf_filter_remo...
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群体遗传中基于SNP的PCA分析
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群体遗传笔记（一）：群体间选择信号的检测及GO注释从获取下机数据做质控、比对，到calling snp获得vcf文件这一步，网上已经有非常详细的教程，有GATK4.0和全基因组数据分析实践（上），还有Samtools+bcf...
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GWAS分析-说人话（14）- 如何查看SNP的基因型
前言 这年头，谁还TM的做GWAS～ 今天导师不是想和你看流星雨， 是想和你看看他感兴趣SNPs在某个亚组数据中的基因型....... 怎么办？ I have 一堆SNPs，...
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VCF格式的学习及对VCF文件的统计
部分摘自# VincentLuo91的博客 Part 1 VCF格式的学习 1.什么是vcf？VCF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文本文件。在GATK软件中得到最好...
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3. SNP Calling以GATK流程为例，简单来说，SNP Calling主要包括以下几步： 1. 给参考基因组建立索引：samtools faidx、bwa index, gatk Create...
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ggplot2：方差分析多重比较标注显著字母赖江山老师在科学网分享了Francois Gillet编写的两个方差分析多重比较的函数 boxplert()和boxplerk()【来源Numerical Ecology w...
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8种特殊建库测序8种特殊建库测序 8种特殊建库测序 1. RNA-seq 2. 外显子测序 3. small RNA-seq 4. 单细胞DNA测序 5. 单细胞mRNA测序 6. 甲基化测...
