摘要 鼻咽癌的地理分布具有明显的特点，在东亚和东南亚尤为常见。过去十年的流行病学趋势显示，其发病率逐渐但稳步下降，死亡率也大幅降低。这些发现可能反映了生活方式和环境的变化，对...
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CibersortX的替代者BayesPrism用单细胞数据去卷积得到普通转录组细胞类型比例CibersortX网站是常用的工具，但是是网页上传数据，现在网页503打不开，而BayesPrism在PMID: 37717006[https://pubmed.ncbi....
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单细胞分析揭示鼻咽癌微环境中免疫逃逸的多种模式尝试换一种文献阅读笔记分享方式，只记录重要结论，新技术，新方法，新知识 主要发现 鼻咽癌免疫逃逸的三种模式 部分肿瘤细胞降低MHC表达。 肿瘤细胞的主要组织相容性复合体（MH...
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100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理GSE21257(009)100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理 写在前边 虽然现在是高通量测序的时代，但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的...
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RNA-seq上下游分析snakemake流程学习完snakemake后写的第一个流程是RNA-seq上游定量和下游的质控和差异分析。 使用fastp处理fastq文件，在使用START比对到基因组同时得到raw cou...
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使用snakemake编写生信分析流程
The Snakemake workflow management system is a tool to create reproducible and scalable ...
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Hello World感知机，懂你我心才安息单层神经网络 把一个多元一次方程（需要拟合的目标方程）画为神经网络 神经元：1、x1、x2每个圈为一个神经元 输入层：1、x1、x2整体为输入层，神经网络中输入层永远只有一层...
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山重水复疑无路，最快下降问梯度
标题来自张玉宏老师书的目录《深度学习之美》 之前的推文中使用最小二乘法求损失函数的最小值，但是在机器学习和深度学习中更通用的方法是使用梯度下降方法找到最优解。 名词解释 梯度...
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Julia编程11：变量作用域 Scope of Variables
There are two main types of scopes in Julia,global* scope* andlocal* scope*. Julia有全局变量...
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NMF（非负矩阵分解）分子分型Non-Negative Matrix Factorization (NMF). Find two non-negative matrices, i.e. matrices ...
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Julia编程10：类型系统（Types）基于类型系统的多重派发是Julia的核心，但是类型系统也挺复杂的，以下只是我的简单理解。 类型树 Any是根类型，所有其他类型都是他的子类，如果函数的参数不指定类型则为Any...
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Julia编程09：异常处理
try-catch try 可能出错的程序 catch 异常类型变量名 异常处理程序 finally 无论如何最后都要执行的程序 end x = [2, -2, ...
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Julia编程08：控制流Control Flow
Julia provides a variety of control flow constructs: Compound Expressions: begin and ;....
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使用Arrow管理数据
之前的数据挖掘：是时候更新一下TCGA的数据了推文中，保存TCGA的数据就是使用Arrow格式，因为占空间小，读写速度快，多语言支持（我主要使用的3种语言都支持） Forma...
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文献阅读004:单细胞RNA测序揭示TME分析有助于化疗耐药膀胱癌患者治疗实验设计 一个病人的治疗过程中不同阶段取样 #1样本：非MIUBC #2 样本：发展为MIUBC #3 样本：化疗耐药并且发生肺转移 #PDX(vehicle-treated...
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基因组实战03: WGS toy example借鉴Reference中第2、3篇文章的代码。分析的数据是大肠杆菌，因为基因组小，适合拿来快速跑通整个流程 00 下载fastq数据 mkdir -p ~/Project/D...