一、ssDNA数据用samtools进行markdup去重的时候，出现报错信息。 脚本提交的时候在e文件中显示：[markdup] error: no MC tag. [ma...
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day24ChIP-seq去重
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复现一篇WGCNA文章（含代码）（五）前面我们已经拿到了差异表达基因以及WGCNA与肿瘤最相关的两个模块里的基因，下面我们就从这些基因中找到文章标题中的那3个关键基因：AURKA, TOP2A and MELK；...
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复现一篇WGCNA文章（含代码）（四）接下来是对WGCNA分析的yellow模块和turquoise模块里的基因分别做GO和KEGG富集分析； 文章中是用R包clusterprofiler做的： 分别对最相关的...
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复现一篇WGCNA文章（含代码）（三）找完差异基因后，现在开始这篇文章的WGCNA分析，这个分析最主要的是要得到与表型相关的基因； 先看看文章中怎么做的： 首先对数据进行过滤：过滤后为5435个基因； 构建基因共...
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复现一篇WGCNA文章（含代码）（二）前面我们处理了表达矩阵以及临床信息，下面开始做差异分析； 首先，我们看一下文章里是怎么做的： 这里让我比较疑惑的是取|logFC|>1的话，并不能得到文章中580个DEG的结...
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复现一篇WGCNA文章（含代码）（一）文章 AURKA, TOP2A and MELK are the key genes identified by WGCNA for the pathogenesis of ...
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最详细的HiC-Pro使用记录及结果解读Hi-C技术通过交联等实验步骤获得空间上相连的DNA片段，即物理位置上较远的DNA片段之间的互作信息。根据染色体内部的互作概率显著高于染色体之间的互作概率将不同的contig...
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Phenotypic impact of genomic structural variation: insights from and for human disease
Corresponding author: Jan KorbelGROUP LEADER AND SENIOR SCIENTISTMolecular Medicine Par...
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【Python生信编程笔记】读取文件
在Python中，读取文件分为三个步骤: 一、打开文件：open 文件句柄不是文件，而是对文件的说明。 二、读取文件：有几个方法来读取文件。 read(n): 从文件中读取n...
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【Python生信编程笔记】if、for以及while语句小例子
前面我们学习了数据类型以及if、for和while语句，下面，我们用刚刚学到的知识来编程序: 一、估计蛋白质的净电荷 在固定的pH值下，可以计算出蛋白质的净电荷和其各个氨基酸...
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【Python生信编程笔记】while循环
有一条指令使while条件为假是非常重要的，否则，我们就会进入一个无限循环。 退出while循环的一种方法是使用break。 Break用于脱离循环结构，它也可以在for下使...
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【Python生信编程笔记】for循环
for控制结构允许重复执行代码，同时保留一个具有可迭代对象值的变量。 要知道你正在迭代的可迭代对象的位置，enumerate方法将返回可迭代对象的索引和值。 迭代数字列表的方...
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【Python生信编程笔记】if-else
If对表达式求值，如果表达式为真，则执行If子句后面的代码块。否则，执行else下的代码块。表达式必须是返回True或False。 简单判断 if-else的简单作用 eli...
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【Python生信编程笔记】集合
集合类似于列表，但有两个明显的区别:它的元素是无序的，且每个元素都是唯一的。集合最常见的用途是成员测试、重复删除和数学运算的应用:交集、并集、差集和对称差集。 一、创建集合 ...
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【Python生信编程笔记】字典一、映射:通过名称调用每个值 字典是一种特殊的数据类型，主要特征是它存储任意索引的无序数据类型。 我们可以将一个字母的氨基酸代码转换成三个字母的代码。每个元素由一对键：值组成...
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【Python生信编程笔记】五、元祖
元组是有序对象的集合，具有一旦创建就不能修改的特性，元祖里面的元素用小括号括起来。 定义一个元祖 当元组只有一个元素时，应该在末尾使用逗号: 不允许在元组中添加或删除元素: ...
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【Python生信编程笔记】四、数据类型（二）列表
列表是Python中最通用的对象类型之一，是对象的有序集合。它由方括号括起来并且里面的元素通过逗号分隔。 创建一个列表 一个列表也可以包含另一个列表 创建空列表 空列表没有任...
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单细胞数据挖掘实战：文献复现（四）中anno_cell.csv文件
前段时间由于做了几篇文章的数据挖掘工作，然后加上要毕业了事情太多，这期间很多朋友在问前面的单细胞文章复现中的anno_cell.csv文件，现在我把这个文件放到一个网盘中，有...
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WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码一注意：今天的教程比较长，请规划好你的时间。本文是付费内容，在本文文末有本教程的全部的代码和示例数据。 输出结果 分析代码 关于WGCNA分析，如果你的数据量较大，建议使用服务...