有个专门的打分程序，在官网上有
2024-08-06_记录MegaDock安装使用安装Megadock在个人wsl上 整不来docker版本 官方指引https://github.com/akiyamalab/MEGADOCK/blob/master/do...
发简信
IP属地：山西
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弃坑（GraphEC的安装）ESMfold安装
GraphEC[https://github.com/biomed-AI/GraphEC]Accurately predicting enzyme functions thr...
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基于RNA-seq测序数据的植物lncRNA鉴定
Oligo-dT 法的测序数据无法捕获无poly尾的RNA，所获得的lncRNA不能完全代替全转测序 但是用来糊弄组会还是可以的 请引用 Plant-LncPipe: a c...
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蛋白-小肽分析（1）蛋白-肽段分子对接文中所提到的命令行指令，在WSL ubuntu2204环境下计算 前期计算机筛选 生物活性：PeptideRanker抗氧化性：AnOxPePred 1.0 /AnOxPP毒...
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二维 sdf 文件转3d PDB
window下使用xtb转换二维sdf文件教程参考官方 https://github.com/grimme-lab/xtb_docs/blob/main/source/gfn...
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SGN VIGS Tool 本地运行
外国人写的什么教程修了一天。。。 拉docker，可能需要使用镜像 参照官方教程 对于docker-compose.yml，修改（关键在于把那个mason文件夹给映射进去） ...
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理论 | edgeR -- TMM normalization 详细计算过程
最近在看差异分析当中原始read counts是如何被校正的，自然就不会放过差异分析的经典之一 —— edgeR. edgeR使用的校正方法称为trimmed mean of...
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2024-08-06_记录MegaDock安装使用
安装Megadock在个人wsl上 整不来docker版本 官方指引https://github.com/akiyamalab/MEGADOCK/blob/master/do...
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复旦大学研究生在读，方向：神经疾病，基因组学，邮箱：shiyuant@outlook.com，文章完整系列个人主页：tongshiyuan.github.io
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在NCBI BioProject的xml文件中获得转录组数据信息
鉴定为不如iSeq，太强大了，甚至还能断点续传 https://github.com/BioOmics/iSeq[https://github.com/BioOmics/iS...
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比较两个fasta文件的相同序列，并分别输出name
课题组之前使用的基因组有问题，尝试更换基因组时发现序列转换很麻烦，之前的老办法是使用Tbtools中的blast，但是由于 CJ陈说blast程序有时会抽风，返回的第一个bl...
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干货 | 大学生不能错过的超实用在线神器（学习篇）作为一名大学生，学习过程中总会遇到各式各样的问题，但是很多问题是同质化的，比如常常需要搜集某方面的资料、找寻一些优质的学习资源等等。这两年尤为深刻的一点体验就是，解决此类问题...
