今天，分享一篇浙大樊老师和华大发表在Developmental Cell 上的，题目是“Spatiotemporal transcriptomic landscape of ...
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IP属地：北京
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【文献分享】水稻种胚单细胞时空图谱 -
【文献分享】玉米雌穗空间转录组图谱今天分享一篇空间转录组的文章，在Nature Plants发表的题为“”A spatial transcriptome map of the developing maize...
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【微生物文献】The Populus holobiont dissecting the effects of plant niches and genotype on the microbiome微生物在许多宿主生物中发挥着重要作用。想要了解从根际土壤到植物冠层不同生态位的微生物变化，必须更好地了解微生物组成和功能。今天分享1篇有关杨树的微生物组相关的文章“The P...
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【微生物文献】Host genetic determinants drive compartment-specific assembly of tea plant microbiomes植物微生物通常被称为植物的第二套基因组，利用微生物来辅助育种也越来越常见。尽管鉴定了很多植物有益微生物，但是宿主基因型对于微生物的组装还很有限。近年来，也越来越多的作物开始探...
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【微生物文献】Heritable microbiome variation is correlated with source environment in locally adapted ma...今天分享1篇揭示玉米与根际有益微生物互作的遗传调控及环境适应性机理的文章，最近发表在NP上面。 =======实验设计======= 在这个研究中，选取了129份玉米材料，其...
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【微生物文献】Longitudinal profiling of the microbiome at four body sites reveals core stability and ind...今天分享一篇，3月12日发表在 Cell 旗下的 Cell Host & Microbe 期刊中的一篇文章。 每个人身体中包含数以万亿计的细菌，通常被称为微生物组。每个人体内...
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【嫁接文献】植物通过b-1,4-葡聚糖酶促进植物之间的嫁接最近一直在学习植物再生能力方面的知识。今天分享一篇2020年发表在science上的一篇文章，根据报道，题目是《Cell-cell adhesion in plant gra...
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【微生物文献】碳纳米溶胶重塑植物根际微生物今天分享一篇我们自己的文章。发在《Journal of Nanobiotechnology》的题目为：“Carbon nanosol-induced assemblage o...
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【微生物文献】根际有益微生物VOC促进植物生长今天分享一篇，最近发在Nature Ecology & Evolution的paper：Microbe-induced phenotypic variation leads ...
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【文献分享】玉米胚乳单细胞图谱最近，中国农业大学在Nature Communications发表了题为“Decoding the gene regulatory network of endosperm ...
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【微生物文献】叶际微生物抑制病原微生物新机制最近，杂交水稻全国重点实验室在Nature Communications发表了题为“Microbiome homeostasis on rice leaves is regu...
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【单细胞】轨迹分析-slingshot轨迹推断/分析是研究细胞动力学的重要方法，它是单细胞研究应用中一种常见的手段。目前已经开发出了大量的轨迹分析算法，最常用是monocle系列（前面我们介绍的也有），这些算法都...
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【文献分享】单细胞揭示谷类作物的性状进化今天分享一篇做植物单细胞进化分析方面的文章，动物里面看过好几篇经典的给予单细胞数据的进化分析，植物里面还见的比较少，也就是偶尔在一些文章里面做下比如拟南芥和水稻的比较分析而已...
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【DoRothEA】单细胞转录因子分析今天学习另外一个转录因子活性预测工具：DoRothEA。很多文章用的也是这个工具，看起来比pySCENIC好像快很多。其实，单细胞转录因子分析本质上是计算一种specific...
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【文献分享】空间转录组解析宿主-细菌-真菌互作今天分享一篇发表在NBT上的一篇叫做“Spatial metatranscriptomics resolves host-bacteria-fungi interactome...
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【跟着CNS来作图2】复杂热图今天我们尝试复现一个热图，下面图C的右边部分。 下载附表的原始数据。 首先加载需要的包： library(xlsx) library(ComplexHeatmap) libr...
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【文献分享】单细胞水平棉花萜类物质合成与调控机制今天分享一篇发表在MP上面的一个paper，是中国科学院分子植物科学卓越创新中心发表的，题目为"Single-cell RNA sequencing reveals a hi...
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【文献分享】单细胞水平下光信号对拟南芥细胞命运决定的调控机制光是植物生长发育最重要的调控因子，不仅为植物提供能源，还作为信号因子调控植物发育的整个生活史。其中，光、暗条件下幼苗的形态建成是光信号调控植物发育最显著的表现形式：暗中生长的...
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【文献分享】棉花根盐处理单细胞图谱土壤盐碱化问题日益严峻，已经成为全球范围内制约植物生长发育的主要环境因子之一。根系在植物应答逆境胁迫中具有重要的调节作用，作为环境胁迫下最先感知并作出反应的器官，其耐逆机理还...
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【文献分享】单细胞揭示拟南芥真菌侵染植物免疫过程植物病害对全球粮食安全构成了重大威胁，了解植物疾病发生机制，对制定有效的病原菌防御策略具有重大影响。但是，由于病原菌在宿主体内是一个动态过程，不同植物细胞和组织对病原菌的精确...