最近手头处理一批代谢组数据, 想基于几十个关键差异代谢物代谢物进行下KEGG富集，能想到有两种方式解决，一种常用方式就是基于MetaboAnalyst在线富集，另一种就是解析...
IP属地：北京
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利用massdatabase包提取物种KEGG通路与基因/化合物对应信息
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基于GO-Figure快速绘制GO富集气泡图
GO-Figure! 是一个基于pyhton写的GO富集小软件，方便我们拿到富集结果后直接使用命令行的形式进行可视化，绘制出具有灵活性、可重复性的图形，且可基于最新的GO数据...
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突然发现一篇适合了解CRISPR-Cas9的中文综述文章题目：CRISPR/Cas9全基因组筛选在生命科学中的应用 文章链接：http://www.lifescience.net.cn/html/201809/20180911...
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分级KEGG富集pathway图绘制最近在基迪奥平台上看到了这张KEGG富集信息图，刚好手头有批现成的转录组数据，刚好绘制一下给富集图换换风格~~image.png 准备输入文件 增添表中信息 整理好的表格如下...
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基因家族分析 | 基因家族成员鉴定(hmm模型＆同源blast)方法一：基于hmm模型的鉴定方法 1.准备数据①下载拟南芥基因组fasta文件、注释文件gtf/gff3文件：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub...
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学会这三个包，搞定R中的正则天下苦正则久矣，尤其当字符串中有自己想要的一段数据时候苦苦提取不出来的感觉真是难受，今天给大家介绍3个R包来解决这种正则带来烦恼的包，希望对大家能有所帮助。 regexpla...
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SFINX: 一个基于Shiny部署的鉴定蛋白互作关系平台
目前研究蛋白质互作方法有很多，传统的方法是将天然蛋白免疫沉淀与质谱检测结合(CoIP-MS)，另外流行的还有亲和纯化/质谱法(AP-MS)，与CO-IP类似，它使用感兴趣的诱...
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Robust火山图：一种含离群值的代谢组数据差异分析方法
代谢组学中差异代谢物的识别仍然是一个巨大的挑战，并在代谢组学数据分析中发挥着突出的作用。由于分析、实验和生物的模糊性，代谢组学数据集经常包含异常值，但目前可用的差异代谢物识别...
