一、在跑cellranger的过程中出了个问题。要琢磨一下怎么回事。 报错：sequence and quality length mismatch。 wc -l FH-H3...
IP属地：北京
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day56 单细胞cellranger的问题 -
python脚本截取fastq序列
前言 最近在学习单细胞方面的知识，遇到了一个小的需求就是截取需要的fastq序列。先来说一下为什么有这个需求，一般来说单细胞的测序文件有三个如test_R1.fastq....
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对的对的，感谢指正。我赶紧改了去。🙏
day53 三组转录组数据分析
学习及参考教程：https://mp.weixin.qq.com/s/uLt-bYCdVcBH6mqoIG_r6w[https://mp.weixin.qq.com/s/uL...
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day54单细胞 cellranger处理Fastq文件10X文库送测序后，从测序公司拿到的测序数据是fastq格式的，要经过linux上跑cellranger程序，得到表达矩阵，才能做后面的功能分析。这里就是讲一下如何跑cell...
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@ce6414b41175 我也遇到过solving很久很久，一个晚上。猜测是网络问题，但主要是conda的源不行。这个问题很奇葩，有时候某个源昨天能用，今天就突然不能用了，只能换换试一下。
day28 ChIP-seq Homer注释及找motif
参考教程https://www.jianshu.com/p/467d970ec097[https://www.jianshu.com/p/467d970ec097] 一、ho...
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day53 三组转录组数据分析学习及参考教程：https://mp.weixin.qq.com/s/uLt-bYCdVcBH6mqoIG_r6w[https://mp.weixin.qq.com/s/uL...
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day52 转录组 火山图
接着day51，继续作图： 说明先设置pvalue和logFC的阈值根据阈值分别为上调基因设置‘up’，下调基因设置‘Down’，无差异设置‘None’，保存到change列...
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day51 转录组 DESeq2分析总结对day49，day50两次学习的总结。拿到reads表达矩阵后，在自己电脑上用DESeq2这个R包进行数据分析。 一、先要准备表达矩阵和分组表格1，表达矩阵count之后的...
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day50 转录组 差异基因可视化接着day49 一、看看整体表达情况 原始矩阵为变量exprSet，是从txt文件读入得到的数据框归一化后矩阵为变量exprSet_new，用DESeq2进行归一化后计算而来...
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day49 转录组 差异基因表达分析学习资料：B站视频：生物技能树 第八季转录组测序数据分析得到表达矩阵之后就要考虑如何知道到差异表达基因（DEG），这个要在R中操作，具体是需要airway、DESeq2、ed...
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day48 转录组 计数&表达矩阵转录组分析要用比对后的bam或sam文件进行后续计数。也就是对基因/转录本的区域上比对到的reads进行计数。最后算出来某个转录本或者外显子上比对上多少个reads。显然，如...
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featurecounts的使用说明官网：http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文献参考：featureCounts: an efficient general purpos...
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day47 转录组 比对学习资料：B站视频：生物技能树 第八季转录组测序数据分析 一、转录组比对常用软件 转录组比对常用：hisat2、subjunct（subread）、star。基因组测序比对常...
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day46 转录组 质控学习资料：B站 jimmy大神的视频一、质控命令用到的fastqc是北鲲云上自带的，multiqc是在conda的py3.7环境里自己装的。针对昨天转成fastq.gz的四个...
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day45 转录组 数据下载教程：http://www.bio-info-trainee.com/2218.html[http://www.bio-info-trainee.com/2218.html]...
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day43 失败：conda卡顿无法install 怎么办
使用学校服务器安装软件失败为什么会卡顿？明明昨天上午还能用conda install安装，下午在安装htseq的时候，突然就不能用了。conda install htseq之...
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DNA甲基化知识概述DNA甲基化的前世今生 DNA甲基化作为一种可遗传的表观遗传修饰，在生物个体的生长发育与繁殖过程中，维持遗传物质的稳定性是至关重要的。在真核生物基因组中，编码基因仅仅占一...
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day42 失败：转录组-软件安装学校服务器上虽然安装成了一些，但是有些没安装成功，有些还有GLIBC2.14报错，总之就是失败（后来 day44在北鲲云上全都安装成功，略有安慰） -----------下面...
