发简信
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mtscATAC-seq 使用 mgatk 鉴定高质量变异
mgtak 共有 3 种主要模式：call、bcall、tenx 每种模式输出相同的文件，根据输入数据的来源和格式以及计算资源，选择合适的模式；和 2 种支持模式：check...
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R：加载 Signac，警告 ‘sort’存在多个方法表
在使用 Signac 进行 scATAC-seq 分析时，在 Rstudio 中加载 Signac 发生警告： 如何处理？？？ 尝试1：更新 Biostrings R 包 好...
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单细胞 scATAC 分析 -- Signac（二）参照 Signac 官方分析流程 Analyzing PBMC scATAC-seq • Signac (stuartlab.org)[https://stuartlab.o...
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单细胞 scATAC 分析 -- cellranger-atac（一）参考 cellranger-atac 官方流程： Single Cell ATAC - Official 10x Genomics Support[https://www.1...
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世上至强 植物PhasiRNA 数据分析流程！写在前面 没错，标题党就是我！这几天在忙课题的一些东西，其中涉及到一些 PhasiRNA 数据分析。讨论了一下，发现了一些陈年老 bugs。主要原因在于需求变了，所以代码逻辑...
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我也遇到了这个问题，需要查看gene2ko 与ko2pathway的数据，列名中包含KO的字母的大小写是否一致，和对应列名下面的KOid是否是一致的格式。若是不一样需要设置成一致。
自己构建物种包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler进行富集分析时，发现网上没有物种包OrgDb，利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书，特别感谢一下！！！ emapper首先得到注释...
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个人向ggplot2箱线图总结主要从如何看图、用图与作图三个方面来对箱线图进行理解和总结。 1、看图 如图所示，箱线图是将一组数据按照大小顺序排列后进行绘制的，包含6个数据节点，分别表示出数据的上边缘、上...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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R的更新、工作路径、安装包一. 更新R 二. 更改R的工作路径 1.临时修改工作路径： 查看工作路径：getwd()临时修改工作路径：setwd("path_what_you_want") 2.永久...
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2️⃣ 双序列比对(2)：BLAST详细操作:web版和linux版序列比对和序列特征分析总目录 网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi运行方式：本地或web 基本的BLAST工具包括： bla...
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OrthoFinder
GitHub上对此描述的也是很详细： https://github.com/davidemms/OrthoFinder[https://github.com/davidemm...
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安装软件、conda的重新安装及其使用
一、软件安装 软件安装可以参考Jimmy写的软件的安装代码：生物信息学常见1000个软件的安装代码！http://www.biotrainee.com/thread-856-...
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苦逼的科研狗<br>记性不好所以一些东西就写下来加深印象，正好分享给一些需要的朋友
