上图 数据形式如下：
IP属地：山西
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非度量多维尺度（NMDS）分析及R绘图先上图 注：填充颜色由AI处理。 （样本和分组文件如下）（这里只是展示数据形式并不是原数据（分组名与代码中不一样）） vegan分析数据 行名样本，列名物种，内容丰度。 绘图...
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单细胞测序和单细胞核测序的区别生物体正常的生理功能依赖于复杂的细胞及分子通过复杂的网络相互作用推进和完成，生物体的复杂程度在细胞类型、细胞比例、细胞的空间位置、细胞的基因表达、细胞间的通讯互作、染色质的状...
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@阿乐_01e9 FPKM; 建议先标准化后差异分析
一文做会漂亮的火山图
一、通过limma包对输入数据进行处理 1、归一化处理 在利用limma包进行差异分析处理之前，要对数据进行归一化处理： 在使用limma包之前首先要对数据进行标准化处理 如...
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networkx + Cytoscape 构建及可视化网络图本次笔记内容：网络图的简要结构以相关系数表为例：networkx构建网络结构Cytoscape可视化网络图co-XXX network 网络图的简要结构 网络结构由点及连接点...
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scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频...
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001-Seurat介绍和数据质控4.0 安装包 加载所需要的包 清除环境， 读取10x的数据 BC10 文件夹内容 scRNA.counts是一个S4对象。S4对象就像一颗大树一样，有主枝干，有分枝。 创建...
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smart-seq2 实践单细胞转录组：smart-seq2 参考资料： Smart-seq2 scRNA小鼠发育学习笔记: https://www.jianshu.com/p/23a8fcb1292...
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HZAU植科院农学本科毕业生<br>HZAU信息学院生信专业硕士毕业生<br>目前就职于国内某知名药企数据分析岗位<br>主要擅长SAS,R,Python,Linux,Shell,Power BI,Power automatic<br>对爬虫、网站搭建感兴趣<br><br>欢迎一起讨论呀~<br>简书不定时查看，有需要欢迎知乎私信:<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.zhihu.com%2Fpeople%2Fcao-kai-30-84" target="_blank">https://www.zhihu.com/people/cao-kai-30-84</a>
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seurat-FindAllMarkers()源码解析现在回想单细胞项目的一些常规分析，clusters/groups间的差异表达分析（differential expression analysis）几乎是分析必备项，Find...
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Seurat取子集时会用到的函数和方法在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
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Cellranger的下载、安装
1. Cellranger的下载 此处以10X官网上最新的Cellranger版本为例下载，网址如下： 下载至某一文件夹，本例中以下载至software文件夹为例。 之后，进...
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