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GWAS | 3. 群体结构之PCA主成分分析前期准备 给标记加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈现，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各个SNP位点的ID。先看一下最开始生成的VCF文件： 可以看到，I...
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对SNP的VCF文件质控筛选对SNP的VCF文件质控筛选 1.vcfR简介 vcfR is a package intended to help visualize, manipulate and qu...
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单细胞测序分析: Seurat V3联合harmony进行单细胞数据整合分析#R包导入 #数据 数据下载pbmc_stim 数据导入 #初始化Seurat 对象 使用Harmony之前，需要构建一个Seurat对象， 进行一个标准的Seurat分析（...
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RNA-seq(5):序列比对：Hisat2比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2(官网https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
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Stringtie的使用说明
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StringTie + DESeq2 进行 RNA-seq 差异基因分析按：RNA-seq 流程非常多样化，每一个步骤可选工具都非常多。我的选择是 StringTie 进行组装取得 read counts 数值，DESeq2 分析差异基因。这里把...
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单细胞测序实战（第一部分）这次要练习的文章数据出自：Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated...
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普通转录组将表达矩阵拆分成protein_coding和 lincRNAfeatureCounts设置了很多的参数，我的测序数据是RNA-seq，包含了mRNA=protein_coding RNA,LncRNA这些，所以，我想把它们区分开 特别...
