在GWAS分析之前,一般需要对基因型文件进行过滤,包括:缺失率、MAF、杂合率、双等位、仅SNP等。 运用bcftools进行进行双等位和仅SNP的过滤; bcftools支...

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在GWAS分析之前,一般需要对基因型文件进行过滤,包括:缺失率、MAF、杂合率、双等位、仅SNP等。 运用bcftools进行进行双等位和仅SNP的过滤; bcftools支...
输入数据格式为: 利用该脚本,可以获得标记的等位信息、杂合率、MAF、缺失率及PIC值。
在运行bwa+samtools时报错, 查看samtools中sort命令的帮助信息: 单个线程需要768M内存,需要设置合适的-m参数或-@参数。同时,bwa的线程数也要合...