1. 火山图？ 之前瞥到了小明的 跟着Cell学作图：R语言ggplot2作图展示差异表达的基因[https://www.jianshu.com/p/ed1882db13d8...
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统计绘图 | 这个能不能作为【火山图】？ -
分析 | GO 富集分析
从研一来到组里，一直听到 GO 富集分析几个字。直到现在，研二基本结束了，我都没做过，也不会做。有一个大概的认识，就是，自己的基因集中某种功能基因的占比要高于这种功能的基因在...
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分析 | 比较基因组 | 共线性分析
网上已经有很多教程，自己尝试梳理。 共线性分析，你会想到什么？基于蛋白编码基因1.1 MCScanX[https://github.com/wyp1125/MCScanX] ...
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分析 | kaks 计算
准备文件：test.cds.fa、test.pep.fa 1. 分步计算 1.1 序列全局比对 注意：这里我将同源基因两两配对，在实际分析中选择的是共线性块的基因对。 1.2...
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基础 | 国际年代地层表https://stratigraphy.org/chart[https://stratigraphy.org/chart]，该表一直更新，还具有多种语言版本（英文版、中文版...
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脚本 | Shell | 提取每个转录本的intron坐标
即使原gff文件中没有exon的信息，可以用 脚本 | Shell | 提取每个转录本exon坐标[https://www.jianshu.com/p/92ef215932b...
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脚本 | R | 转录组 counts 2 tpm
看了一些文章，方法很多。比如先定义函数，再用sapply......。我是个只会用tidyverse的R低端用户，而且定义函数过程中用到了log等一些数学计算，我不是很懂，只...
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脚本 | R | 每个基因在不同处理下表达量的相关系数
通常求表达量的相关系数，是每两个样本间或每两个基因间的，最后得到相关性矩阵。但是我想求一个基因在不同处理下的相关系数，或者特定的一对基因之间相关系数，怎么办？ 方法1. t...
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脚本 | Shell | awk直接根据列名处理数据框
1. awk直接根据列名处理数据框 R中tidyverse处理数据框非常方便，可以根据列名操作相应的列。awk 总是根据$n来操作第n列，当列数太多怎么办？怎么直接根据列名操...