璀璨璨的猪宝

勘误：物种形成是speciation event

同源序列

同源序列（homologous sequences） 同源序列指两个序列具有共同的祖先。同源性（homology）是一个定性的概念，我们说两条序列是或不是同源基因。但是同源序...

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请问galaxy管理员具体有啥作用呀？

galaxy 本地分析平台建立

galaxy 介绍 Galaxy 是由美国宾夕法尼亚州立大学（Penn State University）和约翰霍普金 斯大学（Jonns Hopkins Universit...

上校的猫

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请问plotPCA可以直接更改点的大小吗？

DESeq2 PCA 的一些问题

近日，做差异分析的时候，想着看一下样本本身的特征是以什么分类的，除了计算样本之间的距离，还用到的PCA（主成分分析）。在DESeq2包中专门由一个PCA分析的函数，即plot...

Sunday_SUI

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图1不太懂，显微镜下能看到mRNA？该图出处是哪里呢？

2021-07-09 Transcriptional bursting

今天分享一个新了解到的转录概念，有点一看似乎就懂，一琢磨就抓狂的节奏：（ 转录爆发（Transcriptional bursting），是指基因会从沉默的状态突然切换为激活态...

NAome

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小王子走在旅途中，看到了一个很漂亮的花园，满足了他对未来家园几乎所有的想象，而花园也向他发出诚挚地邀请。但小王子当时太年轻，他不知道应该怎么做。他看似理性又坚强，实则孤独又脆...

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A common rule of thumb is that two sequences are homologous if they are more than 30% identical over their entire lengths (much higher identities are seen by chance in short alignments), the 30% criterion misses many easily detected homologs. （Pearson WR. An introduction to sequence similarity ("homology") searching. Curr Protoc Bioinformatics. 2013 Jun;Chapter 3:Unit3.1. doi: 10.1002/0471250953.bi0301s42. PMID: 23749753; PMCID: PMC3820096.）

同源序列

同源序列（homologous sequences） 同源序列指两个序列具有共同的祖先。同源性（homology）是一个定性的概念，我们说两条序列是或不是同源基因。但是同源序...

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今天看到的一个知识点：orthologs are homologs that occur in different species through a speciation event and not gene duplication。上文提到“基因复制可以产生直系同源基因和旁系同源基因。直系同源，指两条序列来自复制序列的相同拷贝”可能不正确。

同源序列

同源序列（homologous sequences） 同源序列指两个序列具有共同的祖先。同源性（homology）是一个定性的概念，我们说两条序列是或不是同源基因。但是同源序...

璀璨璨的猪宝

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璀璨璨的猪宝

@嘿嘿嘿嘿哈 谢谢回复，可是pvalue应该也是没有问题的，因为就只有这张图出不来

ridgeplot报错：Error in ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos] : replacement has ...

报错信息：Error in ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos] :replacement has length zer...

嘿嘿嘿嘿哈

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璀璨璨的猪宝

太优秀了！但是，为什么我改为core_enrichment = F还是出不来。
依然报错：Error in ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos] :
replacement has length zero
In addition: Warning message:
In rep(yes, length.out = len) : 'x' is NULL so the result will be NULL

ridgeplot报错：Error in ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos] : replacement has ...

报错信息：Error in ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos] :replacement has length zer...

嘿嘿嘿嘿哈

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请问你的input data是DESeq2得到的res吗？

R做GSEA富集分析

首先感谢Y叔的clusterprofiler神包，做富集分析优点是在线爬取数据，结果很可信，但是缺点也是网络问题，网络差点就要等很久，不过GSEA有自带GMT文件，因此下载好...

欧阳松

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R function基本语法 【例1】定义一个function用于将华氏温度转换为摄氏温度。 执行该function（当输入的华氏温度为32时，摄氏温度为0）： [1] 0 ...