我是一名医务工作者，喜欢文学，现在愿做一名写作小学生，把知识分享给大家！
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gmx trjconv pbc 周期性边界处理周期性边界总结： 如果是单聚体， 则 trjconv -pbc mol -ur compact -center, -fit rot+trans 即可（或者严谨一点，trjco...
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应该是坐标位置或半径之类的没写好吧，选的区域没有包含口袋（全部都被氨基酸占据了）
用POVME3.0计算蛋白质口袋和聚类
https://github.com/POVME/POVME 首先按照教程安装povme3.0，每次使用的时候，用一个单独的python27环境，source 路径/mini...
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如何进行虚拟筛选的方法学验证【转载】作者：小墨[http://blog.molcalx.com.cn/author/infomolcalx-com]，如若转载，请注明出处：《如何进行虚拟筛选的方法学验证》htt...
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用POVME3.0计算蛋白质口袋和聚类
https://github.com/POVME/POVME 首先按照教程安装povme3.0，每次使用的时候，用一个单独的python27环境，source 路径/mini...
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共价结合药物的设计与开发【转载】https://med.sina.com/article_detail_103_2_46000.html共价结合药物的设计与开发 来源：药渡[http://www.pharm...
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蛋白质动力学:一门与分子生物学互补的知识[转载]蛋白质是生物体结构和功能的基本单位。研究蛋白质，有两大类不同研究的思路。一种是分子生物学研究，其研究对象为大量的蛋白质分子(例如western blotting中μg级别的上...
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[文献学习] 运行AutoDock Vina进行虚拟筛选的1001种方法Jaghoori, M.M., Bleijlevens, B. & Olabarriaga, S.D. 1001 Ways to run AutoDock Vina for ...
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中草药数据库 TCMID、SymMap、YaTCM、TCMSPTraditional Chinese Medicine Integrated Database[http://119.3.41.228:8000/tcmid/] 1. 什么...
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用VMD分析蛋白质动力学——Prody的使用（Normal mode analysis）首先介绍一下Prody可以做的事情： prody原始文献：ProDy: Protein Dynamics Inferred from Theory and Experimen...
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软件安装：winscp/putty/xmanager 安装网上下载winscp，putty 将putty安装到winscp指定目录 如何设置通过winscp免密码登录putty？ xmanager 是收费软件，查找软件包名字NetS...
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Autodock vina 和MGL tools linux版本操作（命令行操作）总结： step1. MGLtools 蛋白质Edit——加polar H，加Kollman电荷后，Grid——Macromolecule——choose，自动保存pro1....
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@艾诺薇拉 我看了一眼，gmx clustsize 计算的是气相中分子或者原子的聚类，我用不到没有实践过，要是需要可以自己试一遍，cluster我也是通过尝试学习的
gmx cluster命令学习
全文总结 gmx_mpi cluster -f md_*_mol.xtc -s md_*.tpr -method gromos -o rmsd-clust_*.xpm -g ...
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gmx rms rmsf rmsdist总结 gmx rms -f *.xtc -s *.tpr -o *_rmsd.xvg -m *_rmsd.xpm -tu ns gmx rmsf-f *.xtc -s *.t...
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gromacs xpm eps文件查看xpm文件是矩阵格式，删除上方的注释后，可以用Irfanview打开，But没有注释Label，没有xy轴label，而且颜色也不好（黑白，而且感觉不到80level），需要...
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gmx cluster命令学习全文总结 gmx_mpi cluster -f md_*_mol.xtc -s md_*.tpr -method gromos -o rmsd-clust_*.xpm -g ...
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Win10和Linux双系统电脑，如何删除Linux首先，我建议先登录Linux系统，查看一下Linux挂载的盘，记录下来，sudo fdisk -l ，我的电脑显示为： 1. 检查自己的电脑BIOS是 Legacy和UEFI...
