问题最初产生于conda安装了java-jdk和fastqc后，fastqc仍然无法使用，用java --version确认之后发现java的VM存在问题。于是手动下载了JA...
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FASTQC-遇到的java.lang.NullPointerException: Cannot load from short array because "sun.awt.FontConfi... -
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解决python中导出的pdf不能编辑问题
python默认输出的pdf格式是type3，这种不能在 Adobe Illustrator中编辑文字等信息，需要改成type42. 或者直接更改matplotlib的默认设...
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不好意思 忘记改了！
ChIP-seq分析的一般流程方法
现在ChIP-seq的数据基本是最常见的测序数据类型之一，主要有Transcription factor ChIP-seq和Histone ChIP-seq。前者是看转录因子...
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R语言z-score转p.value
z-score计算方法为：Z =（x-μ）/ σμ为均值，σ为标准差。 以下是R中将z-score转为p.value的方法： pnorm(q, mean = 0, sd = ...
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ggplot2 annotate文本设置意大利斜体有时ggplot作图时希望某些字变成斜体，可以导入Unicode包实现： 可以实现p为斜体： 注意保存的时候，要使用cairo_pdf()而不是pdf()，否则p有可能显示不...
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解决devtools.install中的/bin/gtar:not found问题
来自https://github.com/r-dbi/RPostgres/issues/110[https://github.com/r-dbi/RPostgres/issu...
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解决matplotlib中的Invalid DISPLAY variable错误
在本地pyplot画图可以运行，但是在服务器显示以下错误： 其实这是因为matplotlib是默认画图backend是TkAgg，这个需要有GUI的图形界面。只需要指定不需要...
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bigwig转bed文件
bigwig转bed文件首先需要将bigwig转为wig文件 利用BEDOPS的 wig2bed]将wig文件转 bed文件 参考：https://bioinformatic...
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ATAC-seq分析干货-2
作者 | Arno审稿 | 童蒙编辑 | amethyst 上一期我们介绍了ATAC-seq相关的背景知识。ATAC-Seq能帮助我们从全基因组范围内推测可能的开放染色质位点...
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scHCL || 鉴定人的单细胞数据细胞类型
以自己的seurat对象的分群来鉴定细胞类群 参考：https://github.com/ggjlab/scHCL[https://github.com/ggjlab/scHCL]
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对10X单细胞reads进行随机抽样
此功能使用样本中的信息通过指定的道具对每个分子的读数进行下采样。然后，它基于具有非零读取计数的分子构造一个UMI计数矩阵。目的是消除技术噪声中的差异，这些差异可以按批次进行聚...
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ggplot重新画seurat对象的聚类图
参考：https://stackoverflow.com/questions/59101791/seurat-dimplot-highlight-specific-group...
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jupyter配置代码自动补全linux下安装nbextensions，jupyter_nbextensions_configurator。 重启jupyter，在根目录下，点击Nbextensions标...
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cellranger拆分BCL数据cellranger mkfastq Illumina测序下机后的数据为 原始数据（raw base call ）BCL文件，拿到BCL文件之后，第一步是使用cellrang...
