1. 简介 为了观察特征基因在训练集和验证集中是否具有一致的表达趋势，在训练集和验证集所有样本中，通过 Wilcoxon秩和检验比较AAV组样本和对照组样本中特征基因的表达水...
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【Rna-seq 分析流程】05. Wilcoxon秩和检验比较 -
【Rna-seq 分析流程】04 机器学习-构建风险模型1. 简介 基于转录组训练集中所有样本，构建风险模型，筛选基因机器学习方法： LASSO 逻辑回归算法构建模型筛选候选基因 SVM-RFE 向量机-递归特征消除算法筛选候选基...
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【Rna-seq 分析流程】03.2 富集分析-Metascape1. 简介 网址：Metascape[https://metascape.org/gp/index.html?crawl=maunal_meta#/main/step1]Me...
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【Rna-seq 分析流程】03.3 PPI互作网络1. 简介 网址：STRING: functional protein association networks[https://cn.string-db.org/] PPI...
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利用R语言作PPI（免String网页和安装cytoscape法）原创来自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw，本人稍作修改，原文是针对小鼠，现改为人类当得到差异基因后，很多时候...
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【Rna-seq 分析流程】03.1 富集分析-GO&KEGG1. 简介 一般在获得差异基因后，可以通过 GO 或者 KEGG 对这些基因进行富集分析，其目的是找到这些基因之间的内在关系。有关联的基因可能存在与同一通路的上下游，或存在与...
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【Rna-seq 分析流程】02.筛选候选基因1. 简介 上一步获取到差异基因共得到246个差异基因，相比对照组，上调77个基因，下调169个基因。这些差异基因有些多，后续想要进一步针对性研究，有很多方法可以筛选。这里是...
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【Rna-seq 分析流程】01.差异基因分析1. 简介 差异分析是两组数据集间的比较，可以分为对照组样本(Control)，和目标组样本(可以是处理样本 - Treat，或疾病样本 - Illness)。这里研究的是患...
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【Rna-seq 分析流程】00.数据处理
本系列文章是简单的 Rna-seq 分析全流程，主要是代码和结果展示。 1. 简介 分析数据可以从 NCBI，GEO 等网站上下载，进行数据挖掘，本次使用数据从 GEO 下载...
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ATAC-seq实战 0 Tn5转座这篇文主要参考 Tn5 as a model for understanding DNA transposition，来了解Tn5的转座机制。转座概念参与分子转座过程 转座 ...
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献给写作者的 Markdown 新手指南「简书」作为一款「写作软件」在诞生之初就支持了 Markdown，Markdown 是一种「电子邮件」风格的「标记语言」，我们强烈推荐所有写作者学习和掌握该语言。为什么？可以...
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