今天有一个需求，就是要将gtf中的转录本转成fasta序列，一开始是想着用bedtools getfasta实现，awk取出来坐标做成bed文件输入bedtools，但是结果...
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gffread - gtf/gff文件转fasta序列 -
4️⃣ 核酸序列特征分析(3):启动子及转录因子结合位点预测和转录终止信号预测序列比对和序列特征分析总目录 启动子Promoter是位于基因5'端上游的DNA序列，调控基因表达。作用方式是通过与转录因子结合。关于启动子更详细的简文请看查找一个基因的启动...
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在shell or R 中判断一个文件是否为空。
1. shell 中判断文件是否存在或者是否为空文本 在lunix中写脚本时，总免不了判断文件是否存在，文件内容是否为空的等操作。而这些操作都可以用test指令来实现，可通过...
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公号：Python大数据分析，关注送10G资料
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conda 镜像报错
近使用conda安装包错误，一直报连不上网，后来查看一下原因。是因为清华镜像改了，塞了个文件夹（修改.condarc文件，在后面加上平台名如lunix-64/，win-64/...
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最佳BT种子下载网站（2018年）海盗湾（The Pirate Bay，缩写：TPB）是由瑞典的一个民间反版权组织海盗署（Piratbyrån）成立于2003年，最初仅为瑞典语站点。后来发展成为独立的组织，2...
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大数据系统发育学的原理、机遇和陷阱（一）最近几天读文献，读到了一篇2019年Andrew D. Young 和Jessica P. Gillung发表在Phylogenomics关于系统发育学的综述Phylogen...
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paml计算dn/ds的小实例更新：20190319 使用EasyCodeML完成dnds的计算，自己尝试了分支模型和位点模型的计算，简直不要太容易！ 更新：20190314 教程 http://wiki...
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用以判断选择压力的Ka/Ks的计算前言 最近在看一些关于生态、遗传、基因组进化等的文献，其中有个很多人用的也用了很久的用以判断物种选择压力的数值，（Ka/Ks）。发现在国内的资料中比较少，即使有，也只是教大家...
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mpileup命令参数和结果详解
mpileup是samtools的一个命令，用来生存bcf文件，然后再用bcftools进行SNP和Indel的分析。另外，bcftools是samtools的附带软件。 1...
