上百个动植物基因组组装（华中农已毕业的生物狗）的分析小经验~不定时记录日常搬砖踩坑记录~<br>学无止境，温故而知新~说清楚问题，有问有回，礼貌的人才能得到回复
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比对的时候：one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode! 请问是什么问题呢？
【SV分析】02如何使用smartie-sv Calling SV
上一次小编介绍了如何下载物种的contig数据，没看过的小伙伴可以点击以下链接：https://www.jianshu.com/p/08104688516f 这次小编介绍下如...
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年底干货——Conda 使用速查笔记Conda [kɑndə] Conda 是一个开源的 Python 虚拟环境管理及包管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。Conda分为 Mi...
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请问，利用方法二：基于GMAP，第二步: 获取 allelic.ctg.table，
”perl gmap2AlleleTable.pl referenece.gff3“
这里的“referenece.gff3”是之前生成的gmap.gff3吗？
我看allelic.ctg.table的格式：第一列:近源物种的染色体id、第二列位置、后面列等位基因ALLHiC续: 如何构建Allele.ctg.table
ALLHiC续: 如何构建Allele.ctg.table Allele.ctg.table是ALLHiC用于过滤多倍体基因组中因等位序列相似引起的HiC噪音的必要输入。 构...
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@多啦A梦的时光机_648d 好的好的，感谢感谢！
利用purge_haplotigs去杂合
当基因组某些区域可能有着比较高的杂合度，这会导致基因组该区域的两个单倍型被分别组装成primary contig， 而不是一个为primary contig， 另一个是ass...
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「三代组装」使用Canu对三代测序进行基因组组装Canu简介 目前Canu已经更新到2.0版本，本文用的是Cau1.6版本，一些参数可能存在变动，请注意分辨。 Canu是Celera的继任者，能用于组装PacBio和Nan...
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您好，请问：
1、初始的三代组装结果需要用二代reads先纠错吗？
2、比对用二代的reads好还是三代的reads好？利用purge_haplotigs去杂合
当基因组某些区域可能有着比较高的杂合度，这会导致基因组该区域的两个单倍型被分别组装成primary contig， 而不是一个为primary contig， 另一个是ass...
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生信技能树，生信菜鸟团，jimmy
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目前正在尝试用allhic组装杂合基因组，看了您的文章很有参考，非常感谢！~
ALLHiC续: 如何构建Allele.ctg.table
ALLHiC续: 如何构建Allele.ctg.table Allele.ctg.table是ALLHiC用于过滤多倍体基因组中因等位序列相似引起的HiC噪音的必要输入。 构...
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ALLHiC续: 如何构建Allele.ctg.tableALLHiC续: 如何构建Allele.ctg.table Allele.ctg.table是ALLHiC用于过滤多倍体基因组中因等位序列相似引起的HiC噪音的必要输入。 构...
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