1、fastq文件 一般我们从公司里得到的原始测序数据都是属于fastq.gz文件, .gz是一种压缩格式的缩写，于是首先第一步是对这些压缩格式进行解压操作 解压好的文件即正...
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2、RNAseq(2)--测序原始数据处理（Clean data） -
基因 ID 和 Symbol 转换前言 看了这么多期的 circos，都有点乏了，换换口味也是好的。 下面，咱就开始吧。 做生信分析，总是免不了要给基因 ID 和 Symbol 转换来转换去。 方法 一般要进...
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整理ICGC 表达数据参考：ICGC数据库数据提取表达矩阵/如何提取癌症数据--生信自学网使用spread 出现的坑--刘小泽简书 目的：当我们使用TCGA 表达数据，数据以gene-sample...
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Hic-pro的结果文件转化为.hic文件，在juicebox中实现可视化hic数据经过Hic-pro处理后，会生成allvalidpairs文件，这是所有有效配对的文件。一般想要可视化的话，比较复杂。这时我们就可以把它转化为.hic文件，放到ju...
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Hic-pro 的安装
目前处理Hi-c数据的工具主要是Hic-pro和juicer。juicer相对来说更好用一些，因为更加流程化一些。(具体使用方法见《HIC数据介绍及相关分析》）但鉴于Hic-...
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使用wget下载GEO数据我们有时需要下载GEO数据，使用getGEO的话比较麻烦，特别是当我们只需要其中某一两个文件时。但是当我们直接复制文件链接，使用wget下载时，却只能下载当前的网页。 经过我...
