本文转载自http://blog.sina.com.cn/s/blog_5eb2fefb0101gny0.html 1．准备序列文件 准备fasta格式序列文件（fasta格...
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分子进化笔记（四）: MEGA5构建系统发育树 -
跨物种RNA-seq标准化及差异表达前言 对跨物种的RNA-seq进行标准化和差异分析已知是一个问题，而目前对此类问题的相关研究还比较少，有用RPKM进行各物种之间标准化的，也有基于count文件利用DESeq...
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Abyss:基于布隆过滤器的基因组组装软件
主流的NGS基因组组装软件都是先将序列划分成kmer, 然后基于de Bruijn Graph图论算法，得到组装好的序列。程序运行时，kmer字符串时存储在内存中，所以要求计...
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生信基因功能分析工具：Orthofinder使用教程
最近Orthofinder2开始陆续更新，文章已经投发到biorkix上，在网上搜了一圈，关于Orthofinder的使用的中文教程几乎是空白的，这周就借此机会和大家一起来学...
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基因组组装----SPAdes(一)
关于基因组组装的流程可以参考我的简书:https://www.jianshu.com/p/e02ecd537c83 前面介绍了SOAPdenovo2的使用，但是由于结果整体不...
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生物信息常用R包安装（转）
来源http://www.bio-info-trainee.com/3727.html生信菜鸟团[http://www.bio-info-trainee.com/3727.h...
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基因家族分析六(绘制转录本结构图)一：准备文件 1.拟南芥转录本id2.拟南芥gtf文件(不是gff)3.绘图工具：Gene Structure Display Server 2.0 二.gff文件获取gtf...
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Corset轻松搞定无参转录组差异基因(转载)
原文：http://www.novogene.com/tech/suppor/gene-calss/comprehensive/1651.html Corset特点 无参考基...
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生信小白——初学 bowtie2
本文就以生信小白的角度，简述bowtie2的下载、安装及使用。关于bowtie2的使用教程非常丰富，具体的概念本文不再赘述，只对操作过程进行简(xi)简(zhi)单(ru)单...
