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基因组相似性计算：ANI在比较基因组分析中，我们经常需要分析不同基因组之间的进化关系，例如我们可以使用标记蛋白来构建系统发育树。为了进行定量的比较，我们还可以计算不同基因组之间的相似性或者进化距离，...
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基因组CRISPR序列及Cas酶预测原文链接：基因组CRISPR序列及Cas酶预测[https://mp.weixin.qq.com/s/ayOydVsG44Fdl41Uyuja4w] 01CRISPR简介 C...
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基因组相似性计算：ANI
在比较基因组分析中，我们经常需要分析不同基因组之间的进化关系，例如我们可以使用标记蛋白来构建系统发育树。为了进行定量的比较，我们还可以计算不同基因组之间的相似性或者进化距离，...
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你知道如何聚类吗？层次聚类与聚类树
原文链接（可关注公众号微生态与微进化索取示例数据）： 层次聚类与聚类树 比较聚类：我该划分多少个聚类簇？ 聚类分析 在生态学研究当中，有些环境中的对象是连续（或者离散）的，而...
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Iqtree2：新模型高效构建系统发育树
系统发育推断（phylogenetic inference）的算法五花八门，从最简单的UPGMA法，到邻接法（neighbor joining）、最大简约法（maximum ...
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关于生物进化，研究者们存在哪些分歧？
关于生物进化目前最大的争议是什么？ 原文链接：关于生物进化，研究者们存在哪些分歧？ 距离达尔文《物种起源》一书问世已经160多年了，然而毫无疑问的是，生物进化仍是有待解决的最...
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基因组相似性计算：ANI
在比较基因组分析中，我们经常需要分析不同基因组之间的进化关系，例如我们可以使用标记蛋白来构建系统发育树。为了进行定量的比较，我们还可以计算不同基因组之间的相似性或者进化距离，...
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组间差异分析：Metastats
文章来自公众号：微生态与微进化 Anosim、Adonis、MRPP等基于群落的组间差异分析可以快速的对分组的有效性进行评估。然而，有时候我们还想进一步知道不同区组的微生物群...
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神秘的细菌基因组：GC skew
科学就是整理事实，以便从中得出普遍的规律和结论。from 达尔文 原文链接： 每当我们拼接出一个完整的细菌基因组时，总是迫不及待地画出它的图谱，一个常见的细菌基因组图谱如下所...
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微生物群落展示：要酷酷的云字体！原文：微生物群落展示：要酷酷的云字体！ 每当你需要展示微生物的群落结构 你是不是已经厌倦了 无休止的条形图和热图 想不想要更大胆前卫的展示方式？ 没错，它就是云字体！ 云字体...
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组间差异分析：Anosim无论是野外环境样品，还是室内试验样品，一般我们都会设置样方或平行样来增强分析的准确性，必要时还会进行区组设计，因此在数据分析中需要进行组间差异的比较判别。然而对于微生物群落数...
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好书推荐——病毒宏基因组学：方法和指南
目前爆发的新冠状病毒再次让人们意识到了病毒的重要性。病毒不仅可以使包括人在内的动植物致病，也对生态与进化有着重要的作用，然而目前人们对其却所知甚少，甚至不能构造出完整、合理的...
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数据标准化方法：该如何选择？原文链接： 数据标准化方法：该如何选择？ 什么是数据标准化？ 在微生物组学数据分析之前，我们常常需要根据数据量纲的不同以及分析方法的需要对数据进行各种预处理，也即数据标准化。...
