常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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单细胞分析之细胞交互-3：CellChat -
太优秀了！
环境配置笔记7-解决hdf5r安装时遇到的无数的坑
安装hdf5r包时报错： checking for h5cc... no checking for h5pcc... no checking for HDF5 librari...
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文献学习023--[sc]肿瘤浸润髓系细胞的pan-cancer单细胞转录图谱张泽民老师2021年2月份发表在cell上的文章 Tumor-infiltrating myeloid cells (TIMs) 是肿瘤进展的关键调解者，但是它们在不同肿瘤间...
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详细介绍新版SingleR进行单细胞自动化鉴定
作者：尧小飞审稿：童蒙编辑：amethyst 引言 随着10xGenomics单细胞转录组技术的普及，现在的单细胞转录组分析越来越普及，得到的单细胞数据越来越多。然而单细胞转...
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免疫细胞注释-2：髓系细胞scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/0127c9b380c9] 免疫细胞注释-2：髓系细胞[http...
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2022-10-18Cancer Cell | AI集成肿瘤多模态数据：数据融合和关联发现 原创huacishu图灵基因2022-10-18 10:11发表于江苏 收录于合集#前沿生物大数据分析...
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免疫基因组指标的计算（6个）1.Mutation load 肿瘤突变负荷 2.新抗原负荷（Neoantigen load） 配对样本的全外的.bam数据，第一步通过POLYSOLVER tool工具对每...
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【陪你学·生信】六、当你有一段待分析的氨基酸序列
这一推送将简单介绍： 1.寻找蛋白质结构域 2.简单预测序列的理化性质 4. 预测蛋白酶降解位点 5.预测卷曲螺旋区域（coiled-coil domains） 6. 预测翻...
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免疫组库分析软件MiXCR的安装和使用安装 conda安装 普通安装 在Mac OS X上使用Homebrew或者在Linux系统上使用linuxbrew安装 将已经安装的MiXCR更新到最新版本 手动安装 在r...
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AUCell：计算单细胞转录组的每个细胞中特定基因集的活性程度AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集（如gene signature,gene module）的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是...
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NGS二代测序技术与转化医学研究--1.肿瘤体细胞突变部分NGS肿瘤体细胞突变检测 样本类型：组织样本（新鲜组织+石蜡切片）以及cfDNA样本 可查阅2017年 FDA批准的FoundationOne CDx™和MSK-IMPAC...
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TRIPOD声明-临床预测模型报告规范预测模型的研究报告规范我们清楚了吗？本文是笔者本人学习笔记,做一小结，主要内容是来自 Tripod 2015 statement，笔者做了部分解读。仅供大家参考学习，原文版权...
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scanpy官方教程2022||02-细胞发育/分化轨迹推断学习资料来源：scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io/...
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Week30 — 常染色体单等位基因的随机表达Week 30: 2018— 12.3-12.8Title: Random monoallelic expression of autosomal genes: stocha...
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10X单细胞（10X空间转录组）RNA速率分析之scVelo今天我们测试一下软件scVelo，这个软件应该很多人都用过了，但是玩的好的人，应该没几个。 加载 读取数据（loom, h5ad, csv）, 我的数据是根据velocyto...
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loomR介绍及使用指南随着单细胞技术的发展，数据量增加使得计算需求呈指数增长。分析单细胞数据时，使用稀100000个细胞的系数矩阵处理对于Seurat 来说就很有挑战性。HDF5 格式现在被用于储...
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Diffusion Map在单细胞中的应用单细胞降维 基于单细胞表达矩阵的降维方式有很多，例如UMAP，t-SNE，PCA等，而Diffusion Map是基于非线性的降维模式。对于单细胞表达谱而言，该降维方法有利于...
