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张泽民老师2021年2月份发表在cell上的文章 Tumor-infiltrating myeloid cells (TIMs) 是肿瘤进展的关键调解者，但是它们在不同肿瘤间...

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作者：尧小飞审稿：童蒙编辑：amethyst 引言 随着10xGenomics单细胞转录组技术的普及，现在的单细胞转录组分析越来越普及，得到的单细胞数据越来越多。然而单细胞转...

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scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/0127c9b380c9] 免疫细胞注释-2：髓系细胞[http...

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基础知识--增强子 一、定义 增强子(Enhancer) 又可译为强化子，是DNA上一小段可与蛋白质结合的区域，与蛋白质结合之后，基因的转录作用将会加强。增强子可能位于基因上...

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Cancer Cell | AI集成肿瘤多模态数据：数据融合和关联发现 原创huacishu图灵基因2022-10-18 10:11发表于江苏 收录于合集#前沿生物大数据分析...

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1.Mutation load 肿瘤突变负荷 2.新抗原负荷（Neoantigen load） 配对样本的全外的.bam数据，第一步通过POLYSOLVER tool工具对每...

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这一推送将简单介绍： 1.寻找蛋白质结构域 2.简单预测序列的理化性质 4. 预测蛋白酶降解位点 5.预测卷曲螺旋区域（coiled-coil domains） 6. 预测翻...

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安装 conda安装 普通安装 在Mac OS X上使用Homebrew或者在Linux系统上使用linuxbrew安装 将已经安装的MiXCR更新到最新版本 手动安装 在r...

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AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集（如gene signature,gene module）的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是...

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NGS肿瘤体细胞突变检测 样本类型：组织样本（新鲜组织+石蜡切片）以及cfDNA样本 可查阅2017年 FDA批准的FoundationOne CDx™和MSK-IMPAC...

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预测模型的研究报告规范我们清楚了吗？本文是笔者本人学习笔记,做一小结，主要内容是来自 Tripod 2015 statement，笔者做了部分解读。仅供大家参考学习，原文版权...

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学习资料来源：scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io/...

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Week 30: 2018— 12.3-12.8Title: Random monoallelic expression of autosomal genes: stocha...

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今天我们测试一下软件scVelo，这个软件应该很多人都用过了，但是玩的好的人，应该没几个。 加载 读取数据（loom, h5ad, csv）, 我的数据是根据velocyto...

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随着单细胞技术的发展，数据量增加使得计算需求呈指数增长。分析单细胞数据时，使用稀100000个细胞的系数矩阵处理对于Seurat 来说就很有挑战性。HDF5 格式现在被用于储...

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单细胞降维 基于单细胞表达矩阵的降维方式有很多，例如UMAP，t-SNE，PCA等，而Diffusion Map是基于非线性的降维模式。对于单细胞表达谱而言，该降维方法有利于...