【ATAC-seq数据处理全流程.R】 知乎冷冻工厂教程 1. 教程简介[https://zhuanlan.zhihu.com/p/594537294] 2. 数据介绍[ht...
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ATAC-seq教程整理
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10X单细胞空间联合分析解析结肠癌肝转移时空免疫图谱hello，又到周五，一周的收官之战，今天我们要继续分享单细胞空间联合分析的文章，参考文章在Spatiotemporal Immune Landscape of Colore...
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你好，请问SCTransform这一步是特别耗时间吗
scRNA-使用sctransform去除批次效应
刘小泽写于19.10.10上一次介绍了使用Seurat 的merge函数来合并4个样本（各有2个生物学重复）的8组数据，但是merge只是将原始数据简单混合起来，谁也不知道混...
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请问怎么整合cellranger vdj输出的结果呢，clonotype似乎是样本为中心进行排序后命名为clonotypeX的，不同样本cellranger vdj结果中的clonotypeX似乎是不同的clonotype
单细胞免疫组库数据分析||Seurat整合单细胞转录组与VDJ数据
在做10X单细胞免疫组库分析的是往往是做一部分BCR、TCR做一部分5‘转录组，那么怎样才能把两者结合到一起呢？ 今天我们尝试用我们的趁手工具做一下整合分析。 首先是下载数据...
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ggplot2自定义绘图主题随着ggplot2的粘滞性越来越强，用它来完成一张草图已经不能满足人们日益增长的爱美之心了。其实ggplot2就是为美图而生的，为此甚至不惜从新定义了一套绘图语法。他当然有能...
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近乎全文翻译：单细胞转录组分析 揭示了经典霍奇金淋巴瘤肿瘤微环境中一种新发现的疾病相关的T细胞亚群Single cell transcriptome analysis reveals disease-defining T cell subsets in the tumor...
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@周运来就是我 嗯嗯，感谢回复
SingleR || 单细胞细胞类型定义工具
注：本教程的SingleR是老版本的(1.0.0)，由于SingleR在Revised: December 18th, 2019已经升级到SingleR 1.0.5，新版本的...
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你好，采用SingleR注释后得到部分cluster为多种cell type混杂的cluster，请问这是否无法避免呢，可以实现在t-SNE作图中隐藏这部分cluster中的部分细胞吗？
SingleR || 单细胞细胞类型定义工具
注：本教程的SingleR是老版本的(1.0.0)，由于SingleR在Revised: December 18th, 2019已经升级到SingleR 1.0.5，新版本的...
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@周运来就是我 get it，感谢回复~
sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教程: Integrating datasets to learn cell-type specific responses
如果只是做单个样本的sc-RNA-seq数据分析，并不能体会到Seurat的强大，因为Seurat天生为整合而生。 本教程展示的是两个pbmc数据（受刺激组和对照组）整合分析...
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@周运来就是我 谢谢您的回复，所以这是采用CCA+anchor方法整合多组scRNA-seq的必然结果对吗
sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教程: Integrating datasets to learn cell-type specific responses
如果只是做单个样本的sc-RNA-seq数据分析，并不能体会到Seurat的强大，因为Seurat天生为整合而生。 本教程展示的是两个pbmc数据（受刺激组和对照组）整合分析...
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请问UMAP的结果DimPlot出来，control和stimulated细胞间没能分开是为什么呢
sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教程: Integrating datasets to learn cell-type specific responses
如果只是做单个样本的sc-RNA-seq数据分析，并不能体会到Seurat的强大，因为Seurat天生为整合而生。 本教程展示的是两个pbmc数据（受刺激组和对照组）整合分析...
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课程会在2019年9月底之前录制完毕并上线： 课程说明在：https://mp.weixin.qq.com/s/AV2uTbsvJGBRq_zv7yDmNg 所有代码在：https://github.com/jmzeng1314/scRNA_smart_seq2 观看链接 手机微信观看（推荐）：http://jm.grazy.cn/wechat/course/detail?cid=53 电脑浏览器的链接 http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=53
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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（一）
在别人的电子书，你的电子书，都在bookdown一文中推荐过这一篇教程(https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course)，从20...
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如果你是程序员，或者有一颗喜欢写程序的心，喜欢分享技术干货、项目经验、程序员日常囧事等等，欢迎投稿《程序员》专题。 专题主编：小彤花园 http://www.jianshu.com/users/4a4eb4feee62/ 【程序员】专题拒稿指北：http://www.jianshu.com/p/7c8b33b5f63b 投稿须知： 1.收录相关技术文章，但不限于技术，也可以是项目经验类的文章和程序员日常。 2.文章內不得有任何推广信息。包括但不限于公众号、微博、微信，更不得在通过投稿后再修改文章加入推广信息。你可以将这些推广以及个人信息放在个人主页介绍里。 3.字数极少，段落混乱，大段代码没有放到代码框的文章不收录 4.不相关的内容不收录，请确认文章内容和本专题相关 目前针对优质作者及爱好者，开设了官方程序员微信群，希望加入请发简信给主编小彤花园索取个人微信，主编会将你加入到【程序员】微信群，分享内容，收获知识。添加微信时备注昵称。
