Counts值 对给定的基因组参考区域，计算比对上的read数，又称为raw count（RC）。计数结果的差异的影响因素：落在参考区域上下限的read是否需要被统计，按照什...
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转录组分析1——原始数据以及过滤 -
ascpra下载GSA数据最近需要下载一批GSA数据，数据存放在国家生物信息中心GSA数据库中，比如我需要下载的数据为CRA008542，我们一般要到GSA数据库内搜索才能直达下载链接（图1）。 点击...
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YOLOv8 替换优化器（Optimizer）许多时候我们会有一些对模型结构进行修改的需求，这个时候如何进行模型改进就成了我们的问题，接下来我的流程中将会介绍如何替换YOLOv8的优化器。 1. 首先准备代码 比如我要将...
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GWAS理论 1-5 全基因组关联分析结果解读与经典案例介绍一、主要结果 二、结果可视化与后续分析建议 置换检验（Permutation test） bonferroni threshold 和 FDR 看我之前的简书文章有解释 受...
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admixture 群体结构分析http://dalexander.github.io/admixture/admixture-manual.pdf[http://dalexander.github.io/...
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没遇到过这种问题...具体的问题是怎么样的？
racon+pilon进行三代+二代数据纠错
现在基因组组装的流程一般是用nextdenovo直接组装三代数据，但是三代数据组装出来一般都会有一些问题，所以要对初步组装结果进行纠错。具体流程是先使用三代数据纠错，再使用二...
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@萝北北呗 可以去掉的
mafft+iqtree构建进化树
mafft可以用来进行快速的序列比对，因为其可以设置多线程。具体的命令行如下： 接下来等着运算完就可以使用iqtree来建树了，具体命令行如下： -b指代的是bootstra...
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序列比对软件 MUMmer 结果可读化处理（四）
关于该软件的计算可选参数以及结果文件的解读，见前三篇分享： 序列比对软件 MUMmer 快速上手（一）[https://www.jianshu.com/writer#/not...
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GFF文件和基因组文件提取mRNA,cds,protein序列首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,转录本序列 接下来我们利用组合工具来提取mRNA,和gene序列 注意用bedtools提取序列，要加-s 参数（能区分正反链...
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GenomeScope 2.0 评估基因组大小、杂合度和重复序列GenomeScope 是2017年发表在 bioinformatic 的一个工具，这个工具的目的就是处理一些高复杂度的基因组，比如说高杂合度或者基因组非常大的物种。Geno...
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Html项目使用vue
前言 近期维护一个项目，代码是纯html写的，对于一个习惯了vue开发的人来说，纯html太痛苦了，不能使用双向绑定，不能使用组件，每次开发新功能，都非常的恶心；幸好，有一个...
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@fanren 有个问题，你这个是怎么解决跨源请求报错的，我一直报跨源请求错误。
Html项目使用vue
前言 近期维护一个项目，代码是纯html写的，对于一个习惯了vue开发的人来说，纯html太痛苦了，不能使用双向绑定，不能使用组件，每次开发新功能，都非常的恶心；幸好，有一个...
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这是Vue2还是Vue3啊？
Html项目使用vue
前言 近期维护一个项目，代码是纯html写的，对于一个习惯了vue开发的人来说，纯html太痛苦了，不能使用双向绑定，不能使用组件，每次开发新功能，都非常的恶心；幸好，有一个...
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MUMMER 两个基因组间比较MUMmer出现的历史背景测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据...
